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林涛到车站接新晋女法医陈诗羽，两人还未来得及回到局里报告就接到命案通知，临时赶赴案发现场。一位工厂女工在浴室洗澡时遭遇杀害，现场残留的大量积水严重增加了警方取证的难度，但秦明很快就根据花洒供水管之间的温差，以及尸体上的细节找到了案件的突破口。陈诗羽第一次见识到自己上司名不虚传的专业功力，坦然地接受了来自高手的冷遇。
林涛紧追疑犯高高的行径路线，找到了他极有可能二次作案的据点，当他用最快的速度赶到时，凶手已不见踪影，取而代之的是一具穿着女士内衣，披头散发的尸体被吊挂在废弃的缆车轨道上。桌上的大喇叭仍然在播放着凶手设定好的交响乐，死者食指丢失，尸体下方是大摊血迹，“清道夫”三个血字赫然印在油桶上。
别墅区发生了一起惨绝人寰的灭门案，幸存者苗正痛失妻儿，同时命丧豪宅的还有他的丈母娘和家中保姆，精神受创的苗正被送进医院。陈诗羽随秦明出勘现场，在看到最小受害者苗苗的尸体后，情绪失控。林涛根据法医提供的线索以及监控录像，锁定疑犯目标为死去的豪宅女主人俞莉丽的情夫刘亚峰，但是，此刻的刘亚峰却是人间蒸发，无迹可寻。
眼看着针对刘亚峰的追捕行动陷入僵局，秦明主动和死者家属苗正进行了简短的会面对话，得到意外启发。三人小组重返案发现场，陈诗羽凭借个人细致入微的观察力发现了俞莉丽卧室内血液分布的疑点，通过还原案发现场，确认案发当时，俞莉丽卧室内还有第三人存在。秦明则很快找到了“第三人”在卫生间留下的致命证据，灭门惨案的凶手最终落网。
不良药商刘政死于仓库，尸体腐烂多日后才被人发现。秦明和陈诗羽当场验尸，发现死者食指经过专业手法的切割已经丢失，现场留有“清道夫”血字，在死者的嘴里发现凶手留下的考题，种种迹象表明，刘政的死亡同高高案一样，并不只是个例。清道夫专案小组正式成立。秦明通过解剖化验得到的信息，刘政死亡时间是在15天以前，然而林涛在调查中发现，7天前还有不少人见到过刘政，同时林涛还调查出了一名与刘政有着严重经济纠纷的嫌疑人胡毅。
随着胡毅的醒来，刘政死亡当天发生的事情逐件揭开迷雾。通过秦明死亡时间的最终确认，以及林涛的相关调查，警方确认胡毅并不是杀害刘政的凶手，真正的凶手仍然无迹可寻。清道夫利用药物的作用制造出尸体死亡15天以上的假象，并再次在尸体上留下难以破解的谜题，让秦明警惕的意识到，他正面对的可能是一个在医学和解剖学上完全不逊于他的强劲对手。这一点，当秦明成功解开凶手留下的蝇卵谜题后，再次得到了证实。
秦明三人受邀到交警大队处理一起离奇的交通事故，肇事嫌疑人是知名电视台主持人黑米。然而面对焦林全身都是死后伤的尸体秦明也没能在第一时间找到死因。为了缓解连续数日高度工作的压力，陈诗羽借机邀请秦明和林涛到家中做客，三人感情增进。就在警方对黑米提供的证词进行深入调查时，死者的妻子薛齐前来自首，详细讲述作案过程。秦明通过焦林尸体的二次尸检确认焦林死因，同时发现事情并不像薛齐所陈述的那样。
小区电梯间连续数日传来恶臭，电梯维修工视检情况发现有女鬼悬于电梯井内。秦明三人组来到现场后发现并非什么女鬼而是一具死状诡异的女尸被悬挂在电梯井内的缆绳上。通过对死者周静住宅的调查，他们发现周静家中无论是大门还是室内布置都设有很多小机关，似乎死者生前一直在提防某人。秦明通过解剖尸体发现多种不同形态损伤，推断电梯井并非第一案发现场，最终找疑犯。然而，在随后的追踪调查中，警方却挖掘出越来越多周静生前令人匪夷所思的行为，案件变得扑朔迷离。
龙番公安局接到报案，桥墩下烧死了一个人，报案的是住在船屋里的人，没什么有用的线索，周边的脚印已经被围观的群众破坏了。林涛和秦明盘问了报案者和附近的船主再加上尸检，大致可以判断死者是被船锚击打头部后套上轮胎进行焚烧的。死者右手的食指被整齐地切割掉，并在墙上写了“清道夫”三个字，显然又是一起“清道夫”系列案。
步教授上着课又沉浸到往事之中，想当年赵良撞死心瑶肇事逃逸，却因为认罪态度好并愿意做出经济赔偿仅被判有期徒刑十年，这事在步教授心里一直是一根刺无法自拔。韩教授看出步教授的异常主动让他提前下课。秦明向林涛索取赵良交通肇事案的卷宗，林涛趁机告诉秦明，赵良很有可能和张军的死有关，张军死前一天赵良出狱了。
