穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星叛变者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕穆德的办公室被搜索，斯科莉央求Skinner（Mitch Pileggi 饰）协助寻觅同伴，孤枪侠也参与出去FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两集团的初次会面不欢而散。调查局发现穆德的单位密码和信誉卡在失踪后的几天都有运用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特以为穆德伪装失踪，以便盗取资料独自调查。案情愈加虚无缥缈……
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