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魏晋时期,皇宫突发一起血案，宫女英慧在双亲被杀，英慧携带青囊经从皇宫出逃，皇上命王赞、司马魁共同追查。皇甫谧与师傅刚给太子看完病，赶着封赏马车回家，途中与追查官兵相遇，正寒暄之时，宫女乘机躲进马车里。司马魁嘱咐手下，一定要先找到英慧。善珍师傅带着金银绸缎等封赏回来了。众弟子急忙从房间起来迎接。宫女乘机从马车里出来逃跑。
官兵得知是皇上赐婚，便不敢搜查，只得离去。司马魁提议梁庆邦与梁柳前去祝贺婚礼。皇甫谧拜托好兄弟布准把英慧带走保护她，布准答应。善珍二徒弟元亨前来道喜。官兵们奉司马魁之命包围了神针堂，搜查捉拿山贼和英慧。一翻打斗之后，布准和英慧成功逃脱，皇甫谧和香苓被捕和神针堂一起接受盘问。梁柳一番侮辱，慧英气急攻心，没有了脉象，无力回天。神针堂从喜堂变成灵堂，官兵前来抓捕皇甫谧和香苓。李公公及时赶到，遣散走了官兵，因为皇子危在旦夕，就叫皇甫谧和香苓进宫为皇子治病。英慧被带到山贼家中静养。
官兵奉命带上山贼的底盘搜查宫女，却巧遇英慧，布准小弟急中生智，演了一出戏，把官兵糊弄过去了。皇甫谧和香苓打开了师傅的遗物宝盒，里面是英慧所著的医术红囊经，皇甫谧决定要好好研习这本医术。梁庆邦将仇人灵位放在自己家中，引来梁柳不满，与其爹争吵大打出手，失手害死了自己的爹。梁柳迁怒神针堂，前去神针堂算账，但没有占到便宜。善珍长辈们得知其死讯，前来霸占神针堂，皇甫谧独当一面气走长辈们。梁柳挑拨离间，唆使长辈们清理门户，除掉皇甫谧。长辈们来到神针堂兴师问罪，香苓急中生智，暂时挽救了神针堂。梁柳认贼作父，与司马魁共谋大事。皇甫谧被捕入狱，司马魁前去探望。
知县审理善珍死亡一案，司马魁，王赞旁听，皇甫谧和香苓据理力争，可是毫无用处，元亨做了假证，皇甫谧和香苓被判处死刑。布准和大伙商量劫狱。梁柳去监狱劝说香苓做他小妾，香苓不从，在狱中与皇甫谧互相深情告白。皇子病又发作，皇上命令皇甫谧先进宫治病，案件日后再查。皇甫谧进宫成功救治皇子，皇上大喜，司马魁进言，一心要处死皇甫谧，王赞却要保护皇甫谧。皇甫谧与香菱被宣进大殿，皇上亲审此案。
皇上倾心香苓，以了解案情为由，与之交谈。皇上深情表白，要纳香苓为妃，香苓婉言拒绝。丽妃悄悄去见皇甫谧，恳请其医治自己。丽妃带皇甫谧来到花园为自己治病，皇甫谧趁机逃走。神针堂的弟子们视元亨为仇人，梁柳让元亨进宫在皇上面前说出证词，指证皇甫谧。皇甫谧前去找香苓，被丽妃逮个正着，关进了牢里。皇上重审此案，皇甫谧用银针和清水证明自己的清白，元亨做假证，被判斩首，皇甫谧为其求情，此案到此结束。山贼抓了个读书人上山。皇上让王赞去请嵇康先生写书。布准为皇甫谧接风洗尘，皇甫谧在山寨遇到读书人，原来就是嵇康。大家把酒言欢，第二日嵇康留下字条离去。司马魁自告奋勇前去拜会嵇康，得到嵇康回复。
皇甫谧离开嵇康家之时被丽妃派人拐走为其治病，皇甫谧告诉她草春堂的药也许能治她的病。皇甫谧和英慧都去祭拜慧珍。布准在神针堂外抓住鬼鬼祟祟的慧珍，带进神针堂质问。慧英不愿说实话，假装晕了过去。梁柳的密探向其汇报英慧的踪迹。皇上想念香苓，无心早朝，于是便微服私访和王赞一起去神针堂接香苓和皇甫谧。梁柳密探装病进入神针堂寻找英慧，无功而返。丽妃到草春堂寻找治病的药，可此药已经失传，于是和梁柳一起去神针堂找皇甫谧对质。皇甫谧想方设法阻止皇上接香苓入宫，皇上无功而返。皇甫谧得知青囊经在宫中被偷，答应皇上帮助找回青囊经。英慧不打算把青囊经交给皇甫谧，并带走红囊经。
皇甫谧和梁柳在皇上面前争抢香苓，梁柳不知眼前的是皇上，出言不逊，最后皇上赐香苓贞节牌坊。英慧被打晕带进了草春堂，皇甫谧等人干着急，然后发现红囊经不见了，猜测是英慧拿走了，她可能是宫女。梁柳装好人接近英慧，皇上因为香苓三番五次拒绝自己而喝的烂醉。梁柳断定英慧是宫里出逃的宫女。皇甫谧等人推测英慧是带着青囊经从宫里出逃的宫女，并且是梁柳掳走了她。布准决定救回英慧。英慧不愿跟布准走，认为皇甫谧是坏人。英慧得知在草春堂坐诊的元亨是华佗传人的徒弟，经过一番相处，对梁柳一伙颇有好感。
红囊经被梁柳掉了包。梁柳从司马魁处得知红囊经的来龙去脉，原来英慧的父母是司马魁派人杀得，为得就是不让皇上得到红囊经，而归自己所有。皇甫谧和布准来到梁柳家兴师问罪，梁柳趁机挑拨英慧与他们的关系，最后皇甫谧拿回红囊经。善珍的长老们为神针堂赶到骄傲。皇甫谧用计阻止了贞节牌坊的建造。皇上交代王赞关注西域进贡的贡品，调查奸细，别让它有任何闪失。吴统领交代回华县知县严加排查，找出奸细商人。知县让皇甫谧和布准上街巡逻，找到身份不明的西域商人。西域二王子来到京城寻找华佗传人为其父看病，遇到骗子，被皇甫谧识破，后遇官兵不料被追捕，抓回县衙。
西域二王子和将军胡安被县令仗打，司马魁赶到，带走了他们。胡安将军与司马魁商讨谋反之事，西域二王子前来寻求能治好其父母病的封衡，若能医治，就把通天玉双手奉上。司马魁也想找到封衡，独吞通天玉，治好皇子，巩固自己地位。二王子和胡安被袭，通天玉被劫走。梁柳出门寻找封衡。皇上早朝，商讨国家大事，司马魁为皇上分忧。梁柳找到封衡道长，封衡却不待见梁柳，给他下毒，让他回去。皇甫谧进宫医治皇子。梁柳找了个江湖骗子来冒充封衡与司马魁见面。
司马魁请求让假封衡为皇子看病，不需要皇甫谧，嵇康之言惹得皇上不满，将其打入死牢，择日问斩。香苓和英慧撞见梁柳和司马魁在一起，司马魁就是害死英慧爹娘的真凶。嵇康与皇甫谧在狱中相见，相谈甚欢。王赞得知胡安在牢里，前去查看，叫手加派人手，以防遭司马魁杀害。又见皇甫谧和嵇康，于是王赞让皇甫谧治好胡安和西域二王子。司马魁送毒水给胡安他们喝，被皇甫谧识破。皇甫谧让香苓送来药材，治好胡安。王赞告知胡安司马魁的真面目。皇甫谧治好二王子。二王子认出皇甫谧。二王子和胡安即将被斩首，被王赞带着皇上圣旨给救下。香苓进宫面圣，提议让皇甫谧和假封衡共同治疗皇子，比较高低。皇甫谧和假封衡在皇上面前开始比较医术高低。
