故事发作在日本的江户时代，一名奥秘的女子出如今了武士桂小太郎（石田彰配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明桂的宠物伊丽莎白（高松信司配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠配音）和新八（坂口大助配音），委托他们寻觅主人的下落。同时，银时（杉田智和）也遭到委托，寻觅四处作恶的红樱的下落。三人的线索会聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶权利一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友如今的对手高杉晋助（子安武人配音），高杉正率领着自己的鬼兵队希图消灭江户。一面是悲天悯人的恐惧分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时可以平安遇险挽救江户吗？
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