故事发作在东京八丈岛远洋，一座将全球各地警方监控相衔接的高科技设备太平洋浮标行将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新黑科技也正在测试中与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，原告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入太平洋浮标。合理工程师们正在为系统启动而展开预备义务时，一桩案件突然发作！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有中心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇迫近的声响，令人毛骨悚然，一个微妙的黑影也正在悄然接近灰原哀
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