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在峰山监狱门口，燕都市人民检察院分院公诉处处长夏静茹，制止了一名正在施行家暴的男子，被施暴的女子正是早年间一起强奸幼女案罪犯王顺的女儿王婉蓉。夏静茹推断另一个案件的嫌疑人李瑞军在18年前的经历和王顺案件有着一定的关系。夏静茹向检察分院反贪局副局长方大庆求助，方大庆通过“读瞳”等一系列方法，发现李瑞军身上果然存在疑点。他们又在审讯过程中与对方斗智斗勇，采用了一系列科学有效的审讯方式，最终击溃了犯罪嫌疑人的心理防线。“红旗路爆炸案”嫌疑人赵夏被判处死刑，即将要被执行死刑的关头他突然良心发现，揭发案件的幕后主使其实是燕都市政府副秘书长刘海泳。经过一番调查，方大庆终于找到了刘海泳的犯罪证据。
燕都市人民检察院分院反贪局开始实施抓捕刘海泳的收网行动，但狡猾的刘海泳反侦查能力非常强，几次关键的时候都被他侥幸逃脱。公诉处，年轻的检察官陈晨和周雯雯在对王顺案件的判断上产生了争议，在检察院的检委会上，领导们的意见也很难统一。夏静茹在赵检及方大庆的鼓励和建议下，决定迎难而上，继续深挖王顺案件。此时的王顺已经服刑了18年。刘海泳打电话向燕州市国资委主任冯路汇报自己已经逃到鲁山，冯路暗示刘海泳出国去亲戚家避避。旅馆外，突然警笛声响起，原来是旅馆有人在捉奸时发生肢体冲突报了警。警察在调查时发现这间旅馆有3名未登记身份的入住人员，于是查到刘海泳的房间，被其使用假的身份证明蒙混过关。
在夏静茹的一番劝说之下，王顺回忆并说出18年前“奸杀幼女案”的真相。方大庆的母亲带着他的儿子方小庆来到燕都，可是方小庆却表现得和父亲十分疏远，方母对此非常担忧。方大庆一路追踪刘海泳，他从路边的黑车司机口中了解到，刘海泳在鲁山长途汽车站下了车。对刘海泳的抓捕工作得到了当地公安部门的支持，有民警反映刘海泳前一日在一家旅馆投宿，可是当方大庆赶到旅馆时，刘海泳早已逃走。被步步紧逼的刘海泳威胁方大庆，若是把自己逼急了，就会伤及方大庆的家人。经过夏静茹的调查取证，她认为王顺案件是冤案的可能性极大，大家对于案件的讨论也越发激烈。
刘海泳乘坐货车逃至石狮。方大庆推断，从东南沿海出海潜逃是刘海泳最有可能选择的路线，他迅速联系东南沿海公安部门，请他们密切关注。夏静茹被告知要暂时搁置寻找王婉蓉的事情，准备全力以赴参与到运毒案的调查中。经过一系列调查取证，夏静茹对走私毒品的崔静进行了追诉。夏静茹在法庭上与对方的律师进行激烈的唇枪舌战，却几经波折。原来崔静的律师陆立清，正是夏静茹丈夫刘文的学生，她聪明强势，并且对刘文一直怀有仰慕之情。夏静茹发觉事态棘手，向方大庆请教。方大庆劝夏静茹不要心急，并提醒夏静茹，崔静是惯犯，肯定不止一个客户。于是，夏静茹向法庭提出了暂时休庭、补充证据的请求，申请延期审理。
方大庆审讯赵夏时，无意中得知赵夏曾亲眼看见过崔静运毒，这为公诉崔静走私毒品提供了重要的证据支持，最终崔静被判处无期徒刑。刘海泳欲偷渡到国外，蛇头阿健看出刘海泳是出逃的贪官，决心敲诈一笔。夏静茹为感谢方大庆在崔静案件中对自己的帮助，请方大庆到一家面馆吃饭，凑巧年轻的检察官于跃龙也独自一人来到面馆，于是3个人凑到一起吃面，于跃龙还汇报了刘海泳的贪污情况。夏父忌日，夏静茹、方大庆相约一起去祭拜，却发现燕都宇天集团董事长金铭山比二人更早就来到了夏父坟前。金铭山与夏静茹的父亲是老战友，夏父以身殉职后，金铭山便承担起了照顾夏静茹母女的责任，和夏静茹情同父女。
阿健收到刘海泳支付的5万美金定金，跟刘海泳说好3天之后就让他出海。夏静茹根据线索推测出王婉蓉目前正身处福建的某处客家人聚集地，于是和陈晨一起出发去找王婉蓉。夏静茹在见到王婉蓉后，告诉她王顺的案件很有可能是一起冤案。检察官找上王婉蓉的事情被王婉蓉的丈夫张水生得知，张水生将王婉蓉一顿毒打。第二天，王婉蓉一家就不见了踪影。连江派出所的吴警官联系上阿健，要求其盯住刘海泳，争取将功抵过。吴警官化装成阿健的老大去见刘海泳，却被刘海泳发现了他的真实身份。刘海泳不动声色，假称还有一个同伙与自己一起，自己只是先行出海试水。于是，吴警官让阿健继续盯着刘海泳，自己去向上级汇报。
方大庆在送儿子上学的路上得知连江警方查到刘海泳的线索，紧急前往。刘海泳给阿健下迷药逃走，但火车站、汽车站、码头都有警察严防死守，他的通缉令更是满街都是，方大庆也在媒体上公开表示将全力缉拿刘海泳。为了报复，刘海泳找杀手袭击方母。幸运的是，杀手失手被抓，方大庆还因此得到了刘海泳的线索，可惜此时台风将近，警方错失了搜捕的好机会。据夏静茹分析，一桩毒品案中的嫌疑人李振海的女朋友贺琴也有问题，她让周雯雯与陈晨继续调查。刘海泳回到燕都求助金铭山，金铭山见状决定对其痛下杀手。金铭山让自己的亲信冯路把刘海泳接到农家院，说是让他缓两天。夏母过生日，金铭山夫妇、方大庆等都来到夏家祝贺。夏静茹一边给金铭山打下手，一边想要打听关于刘海泳的线索，老奸巨猾的金铭山却滴水不漏。
席间，夏母无意中道出当年她与方父曾有意想要方大庆当女婿的事情，让在场的刘文很尴尬。贺琴被夏静茹带走审讯，但是她气焰嚣张，称自己认识刘海泳，没人敢动自己。夏静茹坚持原则继续审讯，贺琴最后交代了自己的罪行，被判处死刑。金铭山告诉刘海泳，对其虎视眈眈的不止一两个领导。刘海泳则说自己手上掌握着多位领导的把柄，包括金铭山，他想利用这些作为护身符保自己不死。然而，金铭山已经先一步把这些证据全部销毁，眼下，他只需要除掉刘海泳。刘海泳自觉走投无路，在大桥上跳江自尽。看到这一情景，在一旁监视他的冯路安心离开，却不料冯路当时驾驶的奥迪车车牌在日后成为了方大庆破案的关键线索。
根据手头掌握的证据，方大庆传唤了刘海泳的小姨子杜晓燕，意图从对方口中问出刘海泳所贪的赃款去向。但是于跃龙错误的问话方式却让杜晓燕敏感地意识到检察院其实证据不足，于是她绝口不提，直说自己什么都不知道。事后，方大庆教导于跃龙问话要注意细节、找准节奏，态度不卑不亢。夏静茹继续分析王顺案件，并重新调整了侦查方向。认为受害人刘红梅的同学凌小霞和目击证人邢志三才是还原当年案件的关键。在多方打听下，夏静茹找到邢志三，但邢志三很不配合。一个冒名“邢志三”的人来到一个低矮的棚户，把两沓钱交给一个病人。他的举动却被检察官们堵个正着，他慌忙逃脱后，立即去找邢志三本人打听当年的真相。
夏静茹一行人找到王顺案件受害人刘红梅的同学凌小霞，凌小霞证明刘红梅遇害的前一天曾在街上遇到过一个企图诱拐她的陌生人，那个人左手的小拇指缺了一半。凌小霞说因为自己当时年幼，所以笔录是学校的老师和校长代笔的，自己其实并不确定王顺是不是凶手。夏静茹一行人继续走访了王顺案件的一些相关当事人，几番波折之后，线索逐渐清晰。原来，王顺当年根本就没有作案时间，刘红梅遇害时，王顺正在居委会陈主任家中过端午节。得知这一切后，众人都十分震惊。方大庆找到了杜晓燕公司的离职财务，这个人说出了帮杜晓燕做假账的事。夏静茹再次提审李瑞军，发现他的左手小拇指少了一截。周雯雯被家里催婚，于是请求陈晨假冒男友想要应付差事，但是陈晨把事情推给了于跃龙，周雯雯不悦。
