三个月后，克罗伊的表姐路易斯，驾车前往Smallville去寻找克拉克帮助调查表妹的死因。途中，随着一道闪电划过，路易斯的车失去控制，冲进路边的玉米地，在那里她发现了裸体的克拉克，并且克拉克失忆了。路易斯把克拉克送到Smallville医疗中心。玛莎在医院里陪伴着昏迷不醒的肯特。发现克拉克后，玛莎带他回到农场，希望通过熟悉的事物让克拉克重拾记忆，然而，此时的克拉克已经完全失去本性。在巴黎，拉娜结交了一个美国男友杰森，两人相处得很开心。拉娜在拓印伯爵夫人伊莎贝儿的墓碑时发现一个奇怪的符号并放出强光，事后拉娜洗澡时发现背上出现了那个符号的纹身。莱克斯的血液中毒，必须每72小时净化一次，否则有生命危险。他冒险去中东取回一件考古发掘到的古物，但是在归途中被空中飞来的克拉克抢走。在斯万博士的助手Crosby送来的黑色氪石的帮助下，玛莎使克拉克重新恢复了人性，恢复了记忆。克拉克来到克罗伊的墓前，遇到了路易斯，他许诺帮助路易斯调查克罗伊的死因。突然，克拉克透视发现克洛伊的墓是空的。
克拉克告诉露易斯他认为克萝依并没有死，他俩一起到到克萝依被炸死的房屋里调查，突然一架直升飞机飞来，他俩好不容易才摆脱了一伙军事人员的追逐。原来是露易斯的父亲Lane将军来阻止她追查真相。拉娜发现身上的新纹身与山洞里的一个符号相同，她决定回到Smallville来追查真相。露易斯偷偷打开了克萝依的棺材，却发现是空的，这时一个液晶金属男孩袭击了她，并要她讲出克萝依的地址。拉娜出现，两人合力赶走了男孩。这个男孩是莱昂派来的，莱昂以出狱后为他提供治疗为条件让他却杀死唯一可以出庭做证的克萝依。克拉克去找莱克斯询问，却发现了他与Lane将军有联系。克拉克和露易斯分别潜入Lane将军的工作室追查线索。在克拉克赶到一处他认为是克萝依藏身的地方，可是保护警卫已经被杀死，克萝依不知去向。通过追踪克萝依手镯上的信号，克拉克赶到了一座炼钢旧工厂，消灭了液晶金属男孩，救出了克萝依。在克萝依的指证下，法庭判处莱昂正式入狱。杰森来到小镇上找到拉娜，表示要留下来和她在一起，一对恋人终于又聚在了一起。
由于学分不够，Lois被要求留在Smallville高中修完相应学分才能进大学，她进了Chloe的报社帮忙。克拉克为了自己的理想，决意加入球队，可是父亲却不放心，怕他在球场上使用超能力而无意中伤害别人，克拉克坚持自己能控制好自己。为了补贴生活费，Martha决定到Tealon在做管理工作。为了弄清楚自己的文身符号，Lana买了很多古书籍进行研究。Jason为了更好地亲近Lana,来到Smallville高中任橄榄球队助理教练。因为是教师和学生的身份，一对恋人只能在学校里偷偷地约会。一个以前满脸疮疤的高中女生Abby，在用母亲Fine的研究出来的新型整容材料的帮助下，变成了一个青春亮丽的惹火女郎。队员Bret与Abby的约会中，一吻之后，Bret出现了难以这置信的幻觉：镜子中的自己竟然成了满脸疮疤的恐怖怪物。他失控了！在惊慌乱跑之下撞上了Lois的车。原来是Fine医生使用的新材料中某种成分过高而导致的副效果，与Abby脸部亲密接触的人会被感染而出现幻觉。为了掩饰，Fine指使女儿用同样的方法使曾经看到Abby和Bret在一起的Lana被感染而进了医院。为了真相，Lois和克拉克分别追查到了Fine的整容工作室。Lois在套取Fine使用新材料的内幕时被精明的Fine控制，差点就成了Fine的实验品，所幸的是克拉克及时赶到。
一个名叫曼蒂的啦啦队员利用陨石配置成特别的“爱之水”，曼蒂利用这些神奇的的饮料水随时俘获她想要约会的橄榄队员。克萝伊就是因为误饮了这些饮料而春情大发，竟然当晚就想献身给克拉克，她的过度热情让克拉克不知所措。在训练休息中，杰森和克拉克都饮用了特别的饮料水。克拉克出现了对陨石的过敏反应，四肢无力。而杰森见到克拉克和拉娜说话后变得对克拉克满怀敌意，在球场上默许老队员给他一些对待新兵的特别关照，让他吃够了苦头；而且在克拉克回到家之后，杰森还袭击了他，幸好莱克斯到来，杰森仓忙而逃，氪石成分从克拉克伤口排出，克拉克又恢复了能力。莱克斯向克拉克表示对他的调查已经结束了，希望能重新开始友谊，两人又成了好朋友。莱克斯向所赞助的大学打了招呼，露易斯不用再为在Smallville高中赚学分的事发愁了。露易斯偶然发现曼蒂在进行的一项化学实验与激发人的爱意有关。为了找到解除的方法，露易斯和克拉克混入球队举办的疯狂派对查找线索。在派对上，克拉克假装爱上了曼蒂，在与她亲热的过程中，伺机让露易斯偷取曼蒂的手提包里的实验资料。不料克萝伊赶到，疯狂地追杀她所认为的情敌--露易斯！搏斗之中，克萝伊碰到发热的水管上，恢复了正常。克拉克终于找到了“爱之水”的解除剂----热量。在大家真诚合作之下，球队终于取得了一场久违了的胜利。
在乔纳森出院的时候，一个同样能够快速移动的小伙子在车祸前瞬间救了他，同时也偷走了他的钱包。克拉克追查到小伙子叫巴特艾伦（即四代闪电侠），他是一个将超能力用于偷窃的小偷。难以相信的是，巴特的奔跑速度居然比克拉克还要快，而且能涉水而过。两人惺惺相惜，克拉克想要劝他回头，巴特反过来邀请他一起闯世界，并认为自己的超能力是上天给的，不用可惜，而且自己也不会伤害到别人。莱克斯追踪到了一件古文物，旁边有氪星文字，据说是与晶石有关的，克拉克用透视能力看到了一幅地图，里面有某些信息。顽皮的巴特跟踪克拉克到了莱克斯的家，拿走了画。在与黑社会负责销脏的贼头交易的时候，不小心被打昏。这时，莱克斯赶到，他告诉贼头，警察就要来了，混乱之中，莱克斯被打倒，克拉克到来救了巴特。最终巴特自己把地图送回了原处，并决定不再偷窃。克拉克接受了莱克斯的请求，一起研究山洞的秘密。在山洞里，拉娜向杰森说明了新纹身符号的来历，他俩决定一起研究探索符号所代表的意义。
克拉克听到一个尖锐的高频声，他知道这是晶石在召唤他。他循声而去，追踪到了监狱，发现莱昂正暗暗拿着一块晶石准备和莱克斯握手。克拉克感到有所不妥，上前架开两人，却让莱昂握到了自己的手。这时，在晶石的作用下，克拉克和莱昂神奇般地交换了身体。通过克拉克的身体，莱昂了解了克拉克拥有的超能力，他非常留恋这个新的变化。而克拉克以莱昂的身份进了监狱，通过原来莱昂的狱友休斯敦的帮助，他对晶石有了进一步的了解。克拉克让玛莎来探监，努力让她知道了真相。莱昂威逼莱克斯归还原来属于自己的5700万美元，幸好玛莎赶到用陨石制止了他。在休斯敦的帮助下，克拉克让莱昂相信身体的交换随时有可能逆转。在莱昂趁着监狱暴乱伺机要杀死克拉克而让逆转无法再进行时，克拉克用偷藏的晶石握住了莱昂的手，俩人的身体又再次交换了过来。混乱之中，休斯敦拿到了晶石，做为他出狱的交换条件交给了斯旺博士的助手Crosby。交换身体之后，莱昂的晚期肝病神奇般地痊愈了，他若有所悟，思想也有所转变。而克拉克却忙着应付莱昂为他惹下的麻烦：克萝伊恼他失语；拉娜求他不要透露和杰森的秘密...
一个叫Mxyzptlk的高中生具有控制别人意志的能力，利用这项技能，他操控了许多比赛的结果，借此使自己做庄的赌球生意节节顺利。但是在一次橄榄球比赛中，他企图用意念使克拉克滑倒，克拉克虽然及时控制住了身体，却一个趔趄撞伤了一名对方队员。克萝伊想报道关于校园赌球的内幕，也包括做庄的Mxyzptkl. 在克萝伊一再坚持报道的情况下，Mxyzptkl在她面前展示了他的超能力，威胁她好自为之。克拉克了解到Mxyzptkl是路瑟集团的交换生。克拉克请求莱克斯将Mxyzptkl交换回去。Mxyzptkl却向莱克斯下了一个赌注：如果下一场洲际冠军赛中克拉克所在的队输了，他就交换他的秘密和走人；否则莱克斯就要为他争取美国公民权和一笔不菲的美金。克萝伊从资料中查到，Mxyzptkl的超能力只有在蝗虫飞行时不起作用。她和克拉克做了一个模拟蝗虫飞行发声时频率的装置，连接在球场广播上。比赛时，受干扰的Mxyzptkl无法使用超能力。在Mxyzptkl发觉并要伤害克萝伊时，克拉克那超越光速般的速度又一次发挥了关键作用。莱克斯将Mxyzptkl送到他的秘密研究所进行研究。因为和拉娜的关系，杰森被开除了，拉娜责怪克拉克不守信用告了密。其实告密的是莱克斯，他有自己的打算。
四百年前，伯爵夫人伊莎贝儿和两个同伴与城镇长官在追寻争夺三块晶石的过程中，被以巫术惑众罪施以火刑。在临死前伊莎贝儿在魔法书里下了一个咒语，并预言将在自己后代身上复活。拉娜最终“巧合”地取得了魔法书，在触摸到书中被下咒的符号时，伊莎贝儿附身在拉娜身上，并且用魔法将与自己同时被烧死的好友也附身在克萝伊和露易斯身上，女巫三人组又回来了！伊莎贝儿见到莱克斯家里珍藏的文物地图时，她意识到自己终身追寻的晶石就在附近。她拿走了地图，并用魔法使莱克斯无止境地弹奏钢琴。在克萝伊18岁的生日晚会上，女巫三人组的异常表现引起了杰森的怀疑。当杰森回去拿魔法书研究的时候被伊莎贝儿打伤，幸亏克拉克赶来相救。三女约了克拉克深夜在谷仓相见，克拉克竟然被魔法高超的伊莎贝儿制服，并被她吸去了超能力。在扫描克拉克的大脑时，伊莎贝儿得到了关于晶石的信息。在山洞里，伊莎贝儿正准备将其中一颗晶石占为己有，克拉克赶来阻止。在晶石力量的帮助下，克拉克又神奇般地恢复了超能力，他用热视力将伊莎贝儿手上的魔法书烧毁，女巫三人组终于消失了。恢复正常的拉娜很感激克拉克，在了解到杰森被开除的事情是莱克斯所为后，她向克拉克坦诚地说明了自己身上纹身符号的由来。
在一次宴会上莱克斯结识了一位红衣女郎，一夜风流之后女郎香消玉殒，莱克斯被列为最大的嫌疑犯。克拉克向监狱里的莱昂求助，根据莱昂的提示和克萝依的帮助，克拉克最终发现这是莱克斯的一个旧情人夏侬贝儿为了报复莱克斯玩弄感情而设的局，在夏侬贝儿引火要将莱克斯焚烧的时候，克拉克赶到。拉娜梦到了女巫祖先伊莎贝儿被处死的情景，同时见到了一个特殊的女人。第二天杰森的母亲洁妮芬到来，正是拉娜梦里见到的女人，令她十分惊奇和疑惑。洁妮芬暗示杰森离开拉娜，杰森当然不同意。莱昂经过上次和克拉克交换身体后，肝病神奇般地自愈了，心境也大为不同。他对莱克斯说，想放下以前的一切，重新做一个好父亲，莱克斯谨慎地不愿相信。
莱克斯的秘密工厂爆炸泄露出一种气体，被感染的人都会出现自己最恐怖的幻觉，杰森、克萝依和拉娜先后被感染而昏迷不醒。莱克斯的工人也感染了很多，他心急如焚，吩咐研究人员加剧研究解毒剂。最后在克拉克的暗助下，及时加剧了解毒剂的生成，解除了又一次危机。而在莱克斯的幻觉里，出现了自己成为世界霸主，毁灭地球的情景，他又惊又恐。在监狱里，典狱长告诉莱昂，有一位权势人物为他出面，法庭改判他无罪释放，他自由了！这一意外的结果连莱昂自己都不敢相信。杰森怀疑与拉娜的认识正是母亲巧意安排的，那是一个与家族有关的秘密。为了保护拉娜，杰森决定离开smallville，拉娜难以理解。
