2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇终了后，小遥为了独自应战城都地域的华美大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则遭到了小茂的鼓舞，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地域应战联盟。 &nbs
新退场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇分开了位于真砂镇的山梨研讨所支付最后的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地域，并在那里和小刚再度集合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅游，展开了新的旅程。
《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视中止转播，网络上可以找到前105集的国语配音。
