千年一次的彗星之夜里，愿望将会完成…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程为了观看千年彗星出现的刹那，分开恩斯游乐场，并看法魔术师巴特勒与戴安在魔术扮演中，小胜听到一阵纤细的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中醒悟了千年，可协助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，假定遇到拥有纯真心灵的同伴便会清醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的同伴，果真，基拉祈从万花镜般的光芒中清醒过去。 虽然基拉祈只能停留耐久的七日就会再消逝，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却十分溺爱。充溢野心的魔术师巴特勒，由于知道基拉祈具有神奇的力气，便把基拉祈给抢走，并且想运用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何抑制困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
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