浮如今太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”岛上世代相传着“海底醒悟着现代遗址“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说…… 来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”（海盗猎人：在现代，奔走在世界各地、寻觅昔日海盗埋藏宝藏的人们通常被称为“宝藏猎人”）们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探求海底宫殿时，1名宝藏猎人被鲨鱼群袭击后死亡。由于事出蹊跷，柯南便同灰原等人展开调查。柯南运用推理将宝藏猎人被杀事情和宝藏传说逐一解开。最大的谜团，隐藏在“海盗旗”（海盗旗：它作为18世纪的船员最不愿看到的东西，画着骷髅、代表着海盗的旗帜。）中的秘密终究是什么？这回，高潮的舞台，被转移至海底宫殿。
