伟大的中先生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是特性情温顺又有爱心的好孩子转先生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆安静的生活，这特性情酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇特植物 ，没想到这只植物居然会说人类的言语。它通知小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆可以和它签署契约成为魔法少女。魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战役的使命，作为报酬，丘比可以完成她们恣意的一个愿望。在战役的进程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描画的那么美妙，随时有着牺牲的可以。并且，随着战役的晋级，一个关乎于她自己的严酷真相正在逐渐的浮出水面。
