西元2199年,来自太阳系外的冤家加米拉斯帝国,为了拯救母星的危亡,末尾侵略其他星球地球军在与加米拉斯帝国军的交兵中惨败,同时加米拉斯帝国军向地球发射大批含有放射能的游星炸弹地球的抵抗力气越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助,向地球发送了坚定引擎和坚定炮的设计图纸,并告知地球军本星球拥有肃清放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失掉联络的状况下,地球防卫军运用伊斯坎达尔星球提供的技术将醒悟于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。