新闻报道，美国十座城市同时遭到恐怖分子的炸弹袭击，证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。总统特别顾问托马斯·莱诺克斯这时正在白宫的椭圆办公室和国家安全顾问凯伦·海斯争论是否需要采取格外强硬的手段，把美国民众中信奉伊斯兰教的人隔离开，以避免更多流血事件。但总统韦恩·帕默不同意汤姆的观点。这时，CTU发来报告，称一名伊斯兰恐怖分子阿萨德是这系列恐怖袭击的背后主使，情报分析员们相信如果干掉阿萨德会有效阻止恐怖袭击，韦恩总统下令CTU制定刺杀计划。韦恩总统和中方进行交涉，换回了正关押在中国的杰克·鲍尔，打算利用他来作诱饵钓出阿萨德。杰克·鲍尔，此时胡须纠结，衣衫褴褛，出现在机场。布坎南到机场迎接他，对他说明阿萨德的一名手下法耶德同意把阿萨德交给美国政府，条件是交换杰克，以为他弟弟报仇。杰克默默同意了。克洛伊听说了这一计划，大为惊骇。此时，在一个普通的美国家庭里，丈夫瑞和妻子吉莲正在争论是否他们的儿子斯科特还应该如常去上学。斯科特进来，说FBI正在逮捕他们的邻居约瑟夫。约瑟夫的儿子阿梅德——一个少年，大声对警察咆哮，说他们毫无根据。警察走后，另一个邻居斯坦砸破阿梅德家的门，打算毒打阿梅德。瑞进去制止了，邀请阿梅德到自己家里住。杰克被交给法耶德，他说自己不怕死，但催促法耶德按照约定给CTU打电话。法耶德说阿萨德背叛了他们的组织，打算和美国政府谈判妥协，而这些恐怖袭击的真正背后指使者是他自己。
逃脱的杰克给CTU打去电话，告知阿萨德并不是恐怖袭击的真正背后指使者，他们应该和阿萨德合作以对付法耶德。但布坎南不能取消总统下的命令，他把杰克的电话转给了白宫。但白宫的安全顾问们并不相信杰克的判断。总统维持之前的命令不变。法耶德给阿梅德打去电话，要他去取自己需要的包裹。阿梅德回到家，取出藏着的包裹。这时，邻居斯坦又来了，把阿梅德打得头破血流。阿梅德挣扎着掏出一支手枪，对准斯坦开了两枪，打死了他。杰克驱车赶往阿萨德的藏身地点，破门而入，告诉他法耶德已经把他卖给了美国政府，现在正有一组特工精英前来逮捕他。这时，一枚飞弹已对准阿萨德的藏身房屋发射，杰克和阿萨德险险逃脱。帕默总统的妹妹桑德拉是一名律师，正在和前来要求翻阅公司伊斯兰裔美国雇工档案的FBI警员交涉。克洛伊从录像中发现炸弹爆炸前杰克出现在目标房屋里，而且画面显示他正在帮助阿萨德逃脱。布坎南命她保守这个秘密，因为他其实已经相信杰克的判断是对的：他们需要和阿萨德联手来捉拿真凶。斯科特看到斯坦走进阿梅德的家，担心阿梅德出事，连忙跑到他家帮忙。阿梅德用枪指着斯科特，要他听令行事。杰克和阿萨德找到了法耶德的一名手下，发现法耶德计划在地铁里实行一次自杀式爆炸袭击。杰克及时制止了恐怖分子。CTU把事发时的录像调了出来，汇报给白宫，韦恩意识到杰克的判断是对的。
法耶德打电话给总统，称只要一小时内释放美国帕姆代尔的政治犯，就停止所有攻击。尽管韦恩一点都不相信，但仍命令手下找出法耶德的真实目的，有必要的话按照法耶德的话作，以争取更多时间。柯蒂斯听说CTU现在正在和阿萨德合作，非常愤怒。阿梅德用枪逼着斯科特回到了他的家。斯科特的父母非常惊讶，但也被劫为人质。阿梅德命令瑞出去送包裹，不从就杀了他的妻儿。一百多名因与恐怖组织有牵连的犯人在帕姆代尔军事监狱排队前行，其中有一名囚犯，叫努马尔。桑德拉和她的情人瓦利德因妨碍FBI公务被捕。韦恩打电话给妹妹，对她的不顾大局非常愤怒。但桑德拉争辩说，越是危急的时候，宪法越不能被抛在一边，不能为了恐惧而放弃对公民基本权利的保护。她请哥哥下令释放瓦利德，但韦恩没有同意。拘留所里，一名叫萨利姆的男子和警卫冲突起来，瓦利德仗义直言，被警卫打了一顿。萨利姆感激地望着瓦利德。瑞把阿梅德的包裹交给一家电子产品商店的老板。老板称瑞拿来的钱不够，不能达成买卖。瑞想到自己的家人，心急如焚，失手杀了那个老板。此时，CTU终于发现了法耶德要求释放帕姆代尔政治犯的目的：里面的一名囚犯努马尔是核科学专家，他可以帮助法耶德安装核弹。白宫立刻下令追回努马尔，但已经晚了。
杰克恳求柯蒂斯暂时把阿萨德当作合作伙伴，因为只有他能帮助CTU找到法耶德。同时，杰克暗中命令克洛伊找出柯蒂斯如此憎恨阿萨德的原因。阿梅德命令瑞把从电子商店老板处取来的零件送往法耶德处。瑞威胁说，除非他放了自己的妻儿，否则他立刻毁了那个零件。阿梅德释放了吉莲，而继续看押着斯科特。吉莲一出来就立刻报了警。杰克一听到吉莲提到“法耶德”的名字立刻率领外勤特工赶往吉莲的家，救出了斯科特。阿梅德被特工击中，昏迷不醒。斯科特还记得阿梅德和法耶德的对话，告诉了杰克一个地址。韦恩和中东一国的大使会面，大使证实了阿萨德有打算和西方合作的意图。但汤姆认为，和一个臭名昭著的恐怖分子合作，有损美国政府的形象，也会损害总统的民意。韦恩给阿萨德打去电话，称只要他积极帮助美国找到法耶德，美国就给他完全的政治庇护。但阿萨德要求总统书面签发文件。瓦利德在拘留所里散着步，萨利姆对他说：“今天结束前，他们会为自己所做的一切付出代价。”这句话引起了瓦利德的注意，他聚精会神地听着萨利姆和另一名囚犯用阿拉伯语对话。桑德拉来拘留所探看瓦利德，瓦利德告诉她，几名囚犯一直用阿拉伯语重复着一个单词，尽管他听不懂，但他怀疑很有可能与恐怖袭击有关。他敦促桑德拉立即报告FBI。克洛伊报告杰克，阿萨德曾经残酷杀死了几名柯蒂斯的手下。杰克立即赶到外面，本来应该护送阿萨德的柯蒂斯正用枪对准阿萨德。杰克被逼无奈，亲手击毙了柯蒂斯。远方，一朵蘑菇云升起在杰克的视野里，手提箱核弹引爆了。
全国上下震惊万分。公众陷入一片恐慌。然而，恐怖分子手里还有四枚核弹。白宫安全人员要护送总统去地下掩体，然而韦恩总统坚持要先向全国民众做电视公开演说。克洛伊听说柯蒂斯被杰克击毙，陷入了极大的悲痛。法耶德的核工程师在核弹爆炸中死亡，法耶德要一名中间人达仁·麦卡锡再给他找一个能够装配核弹引爆程序的工程师。杰克木然地站在哭喊奔跑的人群中，凝望着远方的蘑菇云。布坎南打来电话，告诉他恐怖分子仍然握有四颗核弹。虽然之前杰克已经打算退出，但蘑菇云让他放弃了这一打算。“看到这一切后，我不能现在退出。”杰克说。白宫列了一张可能资助法耶德的国家列表。虽然他们都强烈地谴责了对美国无辜平民的核攻击，但一名上将仍然建议总统轰炸这些国家，作为美国遭到核袭击的反应。总统回答说美国只打击敌人。阿萨德到了CTU，对布坎南说这日他不是美国的敌人。他给克洛伊提供了一名可能和法耶德有联系的俄国将军的名字——格莱登科。CTU立刻找出了曾与格莱登科有过生意来往的人，其中一人是菲利普·鲍尔，杰克的父亲。而杰克已经有九年没有和父亲来往过。杰克打电话给父亲，但父亲神秘地消失了。他给弟弟格莱姆打去电话，原来格莱姆就是上一季里控制洛根总统的幕后操纵者。格莱姆狠狠地对手下说：“我们真该让他死在中国。”杰克到了弟弟家，挥拳痛殴他，要他说出父亲的下落。格莱姆的妻子曾和杰克有过一段恋情，她看到杰克回来，十分惊讶，同时也发现自己对杰克仍然有感情。
汤姆下令在国内建立隔离中心，实际上就是拘留所，这是变相的种族歧视，而并没有得到总统的许可。凯伦斥责他，说他开了一个非常危险的先例。汤姆反驳说有一颗核弹在美国本土爆炸，他只是在尽职作战时准备工作。两人不欢而散，汤姆命令自己的助理里德设法把凯伦从白宫赶走。种族隔离政策也影响了CTU的工作，由于CTU的一名高级主管纳迪娅有中东血统，她被临时加上了信息分级限制，必须多几道手续才能看到需要的信息。纳迪娅向布坎南抱怨，布坎南安慰她说，CTU很多人在工作中都遇到过困难和误会，但大部分人都忍受了委屈而做出了很好的成绩。只有成绩才能取消歧视。格莱姆终于说出了父亲的下落。父亲去看一个公司的雇工，名叫达仁·麦卡锡。这人进入公司时没有经由严格的背景调查，这日的核弹就是被麦克西偷出去卖给恐怖分子的。父亲菲利普和格莱姆之所以没有报警，是因为他们担心这条消息会使公司受到灭顶之灾。菲利普已经带着一群保安去找麦卡锡了。杰克逼迫格莱姆带他前去。里德给了汤姆一张名单。汤姆要求凯伦立刻引咎辞职，否则他就公开布坎南在工作中的一次重大失误。原来，法耶德一年前曾经被捕过，后来因为没有证据被释放，签发释放令的就是布坎南。而凯伦把这份文件藏了起来。凯伦解释了她这么做的原因，但汤姆根本不听。凯伦向韦恩递交了辞职信，韦恩非常惊讶，询问她原因，但她闭口不谈。杰克和格莱姆去父亲的公司，他找到了父亲菲利普，但暴起的弟弟格莱姆命令手下缴了杰克的枪，把他们押入车内。随同他们一起前来的CTU特工已被枪杀。
韦恩找来汤姆，询问凯伦辞职的真正原因，汤姆说是因为政见不同。汤姆强烈建议总统通过临时拘留中心的决议，韦恩非常不情愿，知道这是在滥用职权侵犯公民的人身权利，违背宪法精神。在汤姆的强烈催促下，韦恩答应召开内阁会议。在车内，菲利普说自己所做的一切都是为了杰克。而杰克却拒绝了他。在杰克离开家后，他唯一的指望就是格莱姆了。两人被铐着带下车，格莱姆的手下准备枪决两人。杰克趁其不备打倒了他们，打开了手铐。杰克立刻报告CTU自己弟弟和恐怖分子的关系。菲利普在旁边听着自己的儿子举报另一个儿子，神情非常复杂。麦卡锡给法耶德打去电话，说自己已经找到了合适的人选，正在把这位工程师的照片和背景简历发到法耶德的电子邮箱里。“但是，他不会合作，一定得动脑子让他听话。”麦克西提醒法耶德。CTU监听到了法耶德和麦卡锡的电话，莫里斯立刻动手恢复麦卡锡给法耶德提供的工程师照片文档。CTU的外勤小组到了格莱姆家，菲利普想跟杰克一起进去，但杰克回答说他会用各种可能的办法来逼迫格莱姆说出恐怖分子的下落，这对菲利普可能刺激过大。格莱姆正在动手删除自己电脑里的文件，CTU特工冲进他家。格莱姆的妻子吃惊地望着眼前的一切。莫里斯得到消息，他的弟弟在核弹爆炸中受到严重辐射，生命垂危。莫里斯非常困惑，不明白弟弟为什么会在核弹爆炸的地点出现。他把文件处理好，径直离开。清晰的图像显示出来：那位工程师正是莫里斯。布坎南立刻打电话给杰克，同时要求莫里斯立刻回到CTU。捱不过酷刑的格莱姆说出自己正是几年前杀害戴维·帕默总统的幕后真凶，也正是自己下了杀害米歇尔、托尼的命令。杰克拔枪对准格莱姆，但看见父亲站在门口，默默地看着他，他把枪放下了。
菲利普担心格莱姆被带回CTU后供出自己，杀死了他，把现场伪装得仿佛是格莱姆死于酷刑后的心肌梗死。杰克陷入了自责。莫里斯被麦卡锡和他的女友丽塔带上车，莫里斯趁他和丽塔单独在车里的时候，请求丽塔放了自己，说CTU不知道丽塔的存在，她此刻悬崖勒马还来得及。法耶德给了麦卡锡见面交人的地点。突然，丽塔拔枪击毙了麦卡锡。正当莫里斯以为自己的说服生效的时候，丽塔命令他进车里去。“你说的对，CTU不知道我，所以我可以独享这几百万。”丽塔回答。韦恩在内阁会议上当众否决了汤姆的提议。恼怒的汤姆对里德说：“我认为这个总统没有勇气领导危机中的美国。”他准备辞职。里德把汤姆的计划告诉了一名男子。由于他们的计划必须依靠里德进入白宫，而汤姆辞职后，作为汤姆高级助理的里德必须立刻离开，所以他们不得不设法让汤姆留下来。丽塔把莫里斯交给了法耶德。法耶德毒打莫里斯，莫里斯坚持不肯为恐怖分子安装核弹。阿萨德和韦恩会面了。韦恩说，美国很愿意和阿萨德合作，问题是，如果法耶德再引爆一颗核弹，就不会有任何合作的可能。美国人民的愤怒将直接促使美国政府下令攻击伊斯兰国家。阿萨德答应按照韦恩的意思做一次电视演讲。汤姆对里德说，这种电视演讲只会让美国人民怀疑政府对恐怖分子退让。里德暗示，如果换一个总统，将不会有这种问题。汤姆意识到里德指的是刺杀总统韦恩，表示自己愿意合作。杰克率人冲到了法耶德的寓所，然而，捱不过恐怖酷刑的莫里斯已为法耶德装好了核弹。
法耶德和格莱登科将军通了电话，将军非常恼怒法耶德浪费了两颗对他们来说弥足珍贵的核弹，不过，他们手上还有三颗，法耶德保证会把他们用在最值得的地方。CTU截获了格莱登科和法耶德来往的一封电子邮件，推断出格莱登科目前正藏身洛杉矶。莫里斯被带回CTU，克洛伊奔去问他如何，但莫里斯情绪非常不好，拒绝和她交谈。一同回到CTU的还有菲利普，他在无人注意的时候偷偷删除格莱姆手机上的短信。杰克进来了，注意到他父亲的情绪，说：“我很难过格莱姆不幸去世。”而菲利普的表现仿佛他不相信杰克没有杀死格莱姆的意图。杰克感到非常难过，问他是否知道格莱登科的事。菲利普说自己不管公司的具体事务，但可以问问其他高层。一转身，菲利普给自己的手下下命令，让他们去杀掉格莱登科。格莱姆的妻子玛丽琳现在已经知道格莱姆参与了恐怖袭击，对杰克说她并不怪他使丈夫身亡。其实，他们夫妻间早就没有了感情。但格莱姆威胁，如果玛丽琳离婚，他就带走儿子。因此玛丽琳才留在格莱姆身边。玛丽琳并且提供了重要信息，说她可能知道格莱登科的藏身地。菲利普远远看到杰克和玛丽琳谈话，走过来问她。玛丽琳毫无防备地说了。菲利普要把玛丽琳的儿子带回自己家里，因为CTU非常不适合一个未成年少年久留。玛丽琳很不情愿地答应了。旅途中，玛丽琳接到菲利普打来的电话，他承认是自己杀了格莱姆，要她引杰克去他指定的地点，否则就杀了她儿子。玛丽琳按照菲利普的指示带杰克的外勤小组到达一座房屋，一声巨响，房屋里安置好的炸弹爆炸了。
米洛带玛丽琳逃跑了，追兵按照菲利普事先的吩咐没有对玛丽琳下毒手，两人得以逃到一片工地上。但米洛不是外勤特工，没有搏斗的经验。很快，追兵就发现了两人。米洛要玛丽琳先逃，千钧一发之际，赶来的杰克救了两人。杰克从玛丽琳嘴里听说了父亲的事，非常恼怒自己竟然因为父子感情而忽视了如此明显的线索。他要玛丽琳骗出了菲利普现在所在旅馆的位置，率人去救玛丽琳的儿子。里德终于对汤姆说了自己的计划：他们打算要一个人混入白宫，在韦恩和阿萨德发表电视演说的时候引爆炸弹，然后把事故原因推到阿萨德身上，这样既能干掉软弱的总统，又能让美国人民坚信必须和恐怖分子斗争到底，没有任何妥协的余地。汤姆非常吃惊。韦恩把汤姆叫到办公室，请他再研究一下阿萨德的演讲稿，说他仍然非常看重汤姆的判断能力，汤姆很受震动。他打算告发里德的叛国行为，但被里德发现，把他关在屋子里。杰克和父亲见面了，菲利普说格莱登科发现自己牵涉戴维·帕默被刺一案，以此要挟自己和他合作。他以为那些核弹是要卖到俄国去的，直到这天早上核弹爆炸，他才知道真相。菲利普说自己是个爱国者，所作一切都是为了维护家庭和公司，杰克骂他是个自私自利的小人。菲利普给了他一条线索，让他去找前总统查理斯·洛根。
