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一位海军上校死了，尸检发现他的胳膊上有非手术的切口，法医断定这和芯片有关，于是部长Jarvis指定Tony去调查此事。大家认为EJ是Tony调查的对象。 EJ告诉Tony是Levin让她去拿芯片的。于是Tony和EJ一起去见她的买家，大家这才知道Tony的调查对象是特别探员Simon Cade。在会议中有人持枪射击，Tony被打晕了。
一名叫Thomas Hill的海军陆战队员在同学聚会途中体力不支，还没有到达，就被人刺死了。海军罪案调查处经过调查发现，死者有一个领养的妹妹——一位二十七岁的电视剧演员，在她十八岁生日之前，曾一度离开了养育她的家。Tony对于自己在寄宿学校时是校园里的恶霸感到惭愧，于是他想补偿。然而事实并非如此，Tony在学校往往是被宰割的羔羊。
McGee发现自己的祖母和一名海军少尉的死有关，为此在审讯室还和上司闹得很不愉快，家庭生活和职业生活变的一团糟，这让他很无奈。于是他尽力说服自己的祖母配合警方，引出幕后黑手。
海军罪案调查分队被派去保护一名生命受到威胁的海军军官。与此同时，Abby自愿捐献自己的肾脏，在捐献过程中发现受捐者有可能和她有血缘关系，也因此在不经意间揭开了一个隐藏已久的家庭秘密。
海军罪案调查处和公用网关中心在联合调查一起谋杀案的过程中，意外地发现了一个躲避政治迫害的家庭。Ziva亲自和其中的一名家庭成员交谈，她说他们都生存在苦难当中。与此同时Tony和McGee 试图在网上找到一名叫Gibbs的美女。
海军罪案调查处正在调查的一起案件，因为意外谋杀案的发生案情发生变化。证据表明，海军中尉是因为水中毒而死。与此同时，Gibbs见到了Ducky的新恋人。
海军罪案调查处开始接手一名叫Victor Sterling的男子的离奇失踪案。在该男子的餐厅里调查处成员在冰箱中发现了两名被枪杀的餐厅雇员的尸体。Victor最后一次出现在国土安全局存放员工数据的房间中，之后便失去踪迹。最后调查处发现Victor被人绑架了并且有人强迫他从国土安全局盗取一种致命病毒的数据。
一架军用直升机带着几名海军陆战队队员的遗体回来了，调查处开始着手调查这起事件。调查处没有发现名叫Emilia的陆战队队员的任何尸体残骸。Gibbs通过Emilia照片上一个阿富汗教师手上的戒指，发现了一个专门培养女性自杀式袭击者的组织。之后调查组通过卫星录像发现了Emilia，Gibbs接到上级命令去解救Emilia。
Gibbs 和Ziva来到阿富汗，他们两人的主要任务是找到一名叫Soraya的恐怖分子。Gibbs得知 Soraya有两个兄弟Osman和Asa，Osman在一次爆炸中身亡，而Asa在华盛顿攻读法律。Gibbs通过细微的线索确定了Flores的行踪。然而在早已死亡的Osman却出现在美国，一场精心策划的恐怖袭击即将上演。
Tony的父亲昏睡在车里，而警察在车的后备箱中发现了一具尸体。Tony的父亲和死者Massey存在经济纠纷，同时他没有任何不在场的证明，这让调查困难重重。药理检查显示案发时Tony的父亲被人下了迷药，他根本不可能杀死Massey。Tony找到了案发当天和父亲一起离开酒吧的女子Linda，而这个女人居然是破案的关键。
