一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese成为卧底缉毒警察，Shaw当起了百货公司化妆品售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。Finch则成为了清闲的大学客座教授。通过解救号码—个电脑工程师，他们找到了一种避开Samaritan监视的通讯方法，这是他们准备反击的第一步。
剧情图片 新号码是一位数学系的高材生，她正在参加一场城市游戏。但是连主办方是谁都不知道的游戏注定凶险万分，参赛者一个个都像亡命之徒。芬奇开始介入调查，背后的真相浮出水面，幕后操控者竟然是Samaritan，它的目的是为了招募有才华的执行人。无法接受Samaritan为所欲为的芬奇决定反击，他接受了TM的建议，利用并修复了废弃的地下铁路系统。
Finch让Fusco紧盯最新的可疑对象——一个职业「社交助手」（Professional Wingman，当你初次约会或在社交场合与人搭讪的时候，这种人会以朋友的名义在一旁帮你说话，为你塑造出一个高超的形象）。Fusco很快发现，如何与女人打交道并非他最需要担心的事情。同时，Root带着Finch开始了一场“寻宝之旅”，为资源匮乏的小队找寻装备和经费支持。
Reese负责保护的一对兄妹成为一宗黑帮案件的调查对象，他在纽约警署的「侦探」工作变得复杂起来，他的卧底身份也受到影响。
机器提供了一名才华横溢的政治民调专家的号码，而此人通常都很准确的预测偏偏在这个时候出错了，Finch不禁怀疑这两件事之间可能存在某种关联。与此同时，Reese没有执行Moreno警长的直接命令。剧中的闪回情节揭示了人工智能的本性以及Finch驯化机器的过程。
一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为他喜欢在夜里假扮“侦探”。当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份“坚持到底”。
一伙国际大盗的头目Thomas的号码跳了出来，小队决定让有着盗贼副业的Shaw卧底进入其中一探究竟。他们很快发现，Thomas的团伙偷出的货物远比他们想象的危险，甚至引来了Samaritan和政府ISA特工的关注。与此同时，Root和Finch挫败了Samaritan利用教育版平板电脑监视就学儿童的计划。
Reese从凶案组临时借调到警校担任战术教官，同时监视一名与众不同的女学员。Shaw和Fusco发现她的身份并不单纯，她卷入了警察和黑帮的无间道以及Elias和Brotherhood的帮派斗争中。同时，Samaritan发现了上一集中国际大盗留下的蛛丝马迹，并追查到了Shaw的头上。
Shaw的行踪暴露，与Samaritan特工Martina展开激战。Root及时现身救走了Shaw，Fusco也帮助两人引开了Martina的注意力。而最新的号码则来自小队的“老朋友”Elias，这标志着Brotherhood向Elias的黑帮全面开战。Reese和Finch竭尽全力保护Elias和他的伙伴们，但最终还是付出了惨痛的代价。一直隐忍的Elias决定向Brotherhood复仇。
Samaritan开始在纽约展示它的力量，先是抢走了“无关号码”的生意，又在两天内展现了太平无事和天下大乱两种城市的形态。为了平息事端，TM通过代理人Root和Samaritan的代理人进行了谈判，但以无果而终收场。
