霸道血性的水二爷在多年前被一群土匪追到青龙峡口，一个人活了下来。水二爷抢了凉州城最大商户仇达诚的女人草儿秀为妻，草儿秀生下小女儿水英英难产早逝。水英英自小舞刀弄枪骑术过人，水二爷对她异常宠爱。挖墓人来路捡到了孩子拾粮。土匪冯传五被国民党特派员曾子航招安却遭到刺杀，刺杀冯传五的是仇达诚的小儿子，水英英暗恋的对像-仇家远。
一心向往革命的仇家远为了给游击队筹备钱款，无奈之下来到水家借钱，遭到水二爷的拒绝。为了帮助心上人，水英英偷偷拿走水二爷藏在地窖中的银子。仇家远为了不连累水英英，把她独自在黑风谷口，水英英冒险进入黑风谷险些出了意外。拾粮来到水家做长工，一边干活的同时又要照顾体弱多病的妹妹拾草，水二爷相中的拾草的好样貌，打算让她和死去的儿子结阴婚。
拾粮在凉州偶遇和司徒雪儿在一起的仇家远。仇家远意外得知青梅竹马的司徒雪儿竟然是军统的特务。一行不速之客来到了青龙峡的水家大院，原来仇家远变成了国民党陆军长的副官，并且带来了凉州县的孔县长和总商会的白会长。水二爷为了巨大的利益，答应将土地租给他们种药。仇家远将拾粮灌醉，以自己被坏人绑架为借口，从父亲手中骗取一万两银子归还水二爷。仇达诚大怒跑到水家兴师问罪。
仇家远从外面聘请来的张姓，曹姓的两位药师留在水家监督种药。同时仇家远秘密和黑三等人接头商议。张药师因为莫名其妙误食了毒蘑菇而生命垂危，拾粮冒着生命危险连夜进了断魂谷，找到可以解除毒蘑菇毒性的药草，张药师为谢救命之恩，决定收拾粮为徙。为了引出藏在水家大院的神秘人，仇家远屡次设计，但是结果却差强人意。
结了部下备好人马，叫嚣着冲出了水家大院，气势汹汹地扑向了夜色中宁静的村落。当身体里禁锢了很久的兽性突然间冲出来，冯传五和他的部下们又恢复了土匪时期的野蛮与凶残，在那个夜晚做出了后来被记载入凉州城志的残暴事情， 就是后来当地人们谈之而色变的“冷月之夜”。
尽管水二爷决定解除婚约，然而拾草却突然死亡。让大家没有想到的是，张药师竟然就是拾草的亲生父亲。拾草的死让拾粮悲愤难忍，选择离开水家大院。不料水二爷却因此喜欢上了拾粮直来直去，敢爱敢恨的性格，请拾粮回到水家，甚至亲自到拾草的坟前上香。水英英来凉州城看望姐姐水玉梅，但在进城门的时候受到了守城查满子的刁难，路过的司徙雪儿为她解围。
一次拾粮在药田工作时，无意中看见张药师藏在腰间的匕首。他将这个发现告诉了仇家远，仇家远为了查出藏在水家大院的神秘黑衣人，故意设下陷阱，谁料本来十拿九稳的计划，却被自以为是的水家父女给破坏了。日军开始围攻凉州城，疙瘩五的游击队积极响应联合抗战，而曾子航企图借刀杀人，设计让冯传五化装成日军前去偷袭疙瘩五的游击队。一场大战迫在眉睫。
就在双方剑拔弩张的时候，真正的日军特别行动队出现在青龙峡。危难关头，在水二爷的劝导下，双方冰释前嫌，共同携手痛击来犯的日军。水家大院这一战，让潜藏在水家大院的人物全部露出了庐山真面目。原来张药师就是疙瘩五，而曹药师的真实身份是日本特务，就在仇家远准备进一步审问曹药师的时候，却发现他被人残忍地杀死在地窖里。
一天，仇家远用枪把拾粮带到大家面前宣布：拾粮因个人义气杀了曹药师，正当仇家远准备要将拾粮就地正法时，真正杀死曹药师的人，在水家待了20多年的管家老撅头主动站出来。老撅头言明自己是因为女儿被日本人挟持，所以才会助纣为虐帮曹药师这个混蛋，满心羞愧的老撅头说完一切，自杀身亡。经历了大院锄奸后，水英英对拾粮的态度慢慢起了变化，而拾粮也改变了对水英英最初的看法。两个人的感情起了微妙的变化。
一天深夜，滴滴嗒嗒的神秘声音在院子中响起。仇家远猛然惊觉，这是电台发报的声音。而这电台的讯号也被凉州城内的国军以及日本特务的侦听人员听到了。失去军权的冯传五四处招惹是非。曾子航告诉司徒雪儿，他纵容冯传五实际另有目的。此时，大批日军集结在凉州城周围，日本的特务也渗透到城里。国民党军统特派员在凉州城内被日本特务刺杀。
