1943年 欧洲战场情势微妙莫测，卡特兰的异形军横行霸道，妄自尊大，令世界掩盖在恐惧与死亡的阴影中关键时辰，一群少女毛遂自荐，与邪魔军团展开殊死竞赛这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，仰仗深藏体内的魔力与各种要挟人类存在的怪兽展开格斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终溃退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她前往故土扶桑皇国，以成为优秀的医师作为妥协目的。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来访问，约请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。 身怀绝技的美丽魔法少女们从五湖四海再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄然迫近……
