黑暗的真相曝光后，Molly的生活被彻底改变。一转眼六个月过去了，Molly目前正在一家精神病院接受康复治疗。当她得知她在太空目睹的奇怪死亡事件再次发生之后，她决定逃出医院去调查。她与负责调查这些案件的警察兼赏金猎人JD Richter（Jeffrey Dean Morgan）不期而遇。出于某种个人原因，Richter决心不惜一切代价揭开事情事实真相。
Richter不相信Molly所说的拿着射线枪的外星人的存在，Molly表示被害人的血样可以证明自己的观点，二人调查时发现被害人已经不止一个。
为摧毁Ahdu，军方决定用无人机直接轰炸充满人群的酒吧，但是Molly和Ahdu在轰炸之前已经离开，Molly和Richter被捕，Ahdu逃脱。
Ethan越来越频繁的出现对Molly的记忆。Molly被Toby邀请一起研发一种杀死混血种又不伤害到人类自己的病毒。
数据显示，在四个月内有58名孕妇死于生产，这意味着有58个年龄未知的混血体散落在外。混血体近来转入地下，这令Toby等人十分担忧。与此同时，病毒小组的工作取得了突破性的进展，他们正在研究新的病毒株。Molly也在试图查清John的死因，并找回Ethan。Toby帮Molly联系到了国土安全局相关负责人，但负责人表示由于Ethan并非人类，Molly想要回Ethan并非易事。
Molly发现自己的基因已和外星人的基因结合，她成为了一种跨物种的生物，因此她必须尽快阻止外星人基因的繁衍。可以消灭混血体的病毒已经被成功研制，Lucy识别人类与混血体的工作也得到了认可。与此同时，Ethan找到Ahdu向其索取血样，Ahdu表明他们来到这里是为了重建家园。
Molly威胁Toby组织一场和平会谈，Toby假意妥协离开后，下令通缉Molly与JD。女子染外星基因，即将变为混血体，Toby推测Molly已被感染。
谢坡德Shepherd释放了病毒，许多混血体都被感染了。儿子阿杜Ahdu快要死了。阿瑞斯和特拉不能相信。
Molly病重，在隔离病房接受救治，她录下了视频日记，为Ethan填补空白。Julie告诉Ethan，Molly很想见他一面，于是Ethan在Julie的帮助下下载关于Molly的记忆。
Molly破茧重生，机器人Lucy违规杀人。Toby助外星人逃跑，Molly再被通缉。机器人集体遭控制，Toby被政府定罪。
