时间进入21世纪，中国警方经过缜密侦察，获取制毒贩毒集团在大陆开辟的黄金通道《刑警本色2》剧照——云南经广州、深圳至虹港。在内线侦察员银狐和火狐的配合下，展开了立体打击行动，进行全方位清剿，彻底摧毁了贩毒网络。但贩毒集团头目九子龙诡计多端，并没有在毒品交易中露面，警方决定继续开展行动，将此贩毒集团彻底铲除。银狐潜入贩毒集团内部，以求获取更多情报，但银狐的身份被识破，被阿昆残忍杀害，为继续保持与贩毒集团的内线接触，警方命令在虹港的另一名侦察员火狐开始行动。亲眼见到战友惨死的火狐(文武)火狐决心报仇，亲手抓住九子龙。九子龙集团在遭受重大打击后，将毒品交易的跳板城市由虹港改为大陆沿海城市龙海，同时，集团中的得力干将曹东方也刑满出狱，九子龙希望曹东方承担在大陆进行毒品交易的工作，曹东方却阴奉阳违，表面上对九子龙谦卑恭敬，却暗中谋划，打算取而代之。龙海缉毒大队大队长王小波从线人口中得知一笔大交易的情报，立刻组织行动，但当警察冲入珍珠岛度假村时，发现毒贩麻三以及几名收货者都被人用药迷晕，当场只缴获大量毒品，而将近千万美元的毒资不翼而飞。王小波对度假村的内部人员进行了详细调查，发现度假村餐饮部经理刘亮有重大嫌疑，而刘亮现在已经不知去向。刘亮在曹东方的指使下来到虹港，与银通公司的文武进行接触，希望能通过文武进行洗钱活动。而与此同时，九子龙因交易失败也怀疑到了刘亮，派阿昆和曹东方一起去虹港追回毒资并除掉刘亮，阿昆带人到了虹港，开始跟踪刘亮，文武发现之后，将刘亮安排到一处安全之地，阿昆等人的行动失败。
阿昆发现文武与刘亮接触，怀疑文武与毒资有关，对文武暗中跟踪，文武发现后开始处处小心，文武的女朋友韩雨同时也发现文武近日行动的异常，让她感觉到自己不再了解文武，为此，韩雨分别向文武以及文武的上司费华提出两人一起去欧洲休假，但均被两人以工作繁忙为由拒绝，令韩雨感到失望。龙海警方也调查到刘亮逃至虹港，决定以刘亮为诱饵，放长线钓大鱼，以此作为侦破九子龙集团的突破口，同时派遣王小波赴虹港调查。九子龙一伙同时知道此事，王小波一直被他们视为在龙海进行毒品交易的最大障碍，九子龙决定让阿昆等人暂时不要理刘亮，先除掉王小波以免后患。 王小波通过监听文武与刘亮的手机通话，知道两人将在浅水滩会面，王小波与搭档方向跟踪而至。文武发现两人，将自己的衣服披在刘亮身上，掩护其逃跑。阿昆与手下也出现在浅水滩，见到刘亮与王小波都在，打算将两方一网打尽，王小波与方向猝不及防，双双中枪，幸亏文武相救。文武将王小波送至医院，两人血型恰好相同，文武为其献血，使王小波脱离危险。刘亮在曹东方接应下逃脱，他私吞毒资也全是受曹东方指使，九子龙已经开始怀疑曹东方，但曹东方巧妙应对，暂时打消了九子龙对他的怀疑，同时曹东方与阿丽频繁接触，渐渐赢得阿丽的芳心。但是一直追求阿丽的另一重要成员，制毒高手阿西却怒火中烧，但是碍与九子龙的面子，他也毫无办法。王小波很感激文武的救命之恩，但对于文武相助刘亮一事，仍然有很多怀疑，他警告文武不要因刘亮而毁掉自己的前程事业，文武巧妙应对，让王小波和虹港警方都抓不住他的把柄。韩雨因文武搅入枪击案而忧心忡忡，希望文武能避开这个漩涡，并提醒文武别忘记自己的出身和养父的教诲，文武答应韩雨，总有一天会让她知道答案，韩雨并不相信文武的话，对他态度冷淡。王小波跟踪文武来到刘亮藏身处，文武提早发现，击晕王小波后带刘亮离开，王小波气急败坏。刘亮因多次遭遇危险而惊慌失措，文武给他出主意去找九子龙，交出钱买回性命，刘亮希望文武帮助自己谈妥此事，并坦诚自己在九子龙身边有兄弟，文武不置可否。
火狐密报邓刚，希望撤回王小波，以避免全盘计划失败，王小波和方向无奈离开虹港。与此同时，九子龙派曹东方和阿丽来到虹港寻找刘亮，曹东方向阿丽讲述自己幼时的苦难与雄心壮志，阿丽对曹东方倾心。阿昆等人找不到刘亮，打电话威胁文武，文武不屑一顾，阿昆气急败坏，绑架了韩雨。文武让刘亮同他一起去救韩雨，刘亮同意。刘亮身上绑满雷管同阿昆等人交换韩雨，阿昆被刘亮震慑，文武趁机缴了阿昆等人的枪，这时阿昆才发现刘亮身上绑的全是假雷管，文武阻止刘亮杀阿昆，反而将其放走，赢得了阿昆的尊重。韩雨却因为此事对文武误会更深，认为文武卷入了黑道的仇杀之中，对文武十分失望。曹东方向阿丽倾诉心事，暗示只有自己当上老大，才能和阿丽过上幸福的日子，阿丽虽然深爱曹东方，但她却不容许任何人背叛九子龙，曹东方立刻以自己是在开玩笑掩饰。见文武已经开始为刘亮洗钱，曹东方偷偷潜回九子龙的老巢，准备杀死九子龙自立门户，独吞巨资。不想却中了老谋深算的九子龙的埋伏。幸好曹东方早有准备，解释说自己是要杀掉刘亮的仇人阿西。阿西要杀掉曹东方，心中已经把曹东方当成自己的真爱的阿丽听说消息，急忙赶回，阿丽相信了曹东方的话，向九子龙求情。九子龙正好资金匮乏便顺水推舟要曹东方戴罪立功，拿回巨款。曹东方不得已又回到了虹港。严浩，邓刚一致认为九子龙集团很可能把新的跳板地点选在龙海市，并把工作重点也放在龙海，邓刚通过王海点醒王小波要服从大局，听从指挥，避免贸然行事，但王小波不知内情，很有情绪。文武请出费华向韩雨证实自己确实与黑道无关，刘亮被追杀完全是由于自己的原因，而与那笔钱无关，韩雨这才相信。
曹东方到达虹港，与刘亮联系，文武警告刘亮，曹东方已经《刑警本色2》剧照被九子龙识破，他现在来找刘亮，一定会杀他灭口。 刘亮与曹东方见面，文武则在暗中接应，曹东方拿到钱后，立刻开枪击中刘亮，文武驱走曹东方，救走刘亮，刘亮在临死之前，将巨额毒资的银行账户密码交给文武。曹东方发现自己拿到的钱全是假钞，毒资的银行本票密码也是假的，于是立刻联系文武，要求与他见面。九子龙得知刘亮被杀，明白是曹东方借自己名义私吞了那笔钱，命令阿昆立刻追杀曹东方。王小波再次赶到虹港，向文武调查刘亮被杀一事，文武利用费华证实自己并不在场，王小波拿他也没有办法。曹东方与文武会面，提出两人合作，要文武拿出钱来供两人在内地投资，以后文武来为他洗钱，文武否认钱在自己手中。阿丽对曹东方始终不能忘情，不但对阿西极为冷淡，而且把自己养的小狗起名为东方，阿西向九子龙抱怨，反被九子龙斥骂。此时，九子龙的只是如何盘算着拿回巨款，东山再起。王小波在虹港一无所获，仅仅猜测九子龙集团出现内讧，为防止九子龙将制毒交易重心转向龙海，王小波和方向动身返回龙海
阿昆带人暗杀曹东方，被曹东方巧妙化解。阿丽偷偷与曹东方联系，让曹东方交出钱来换取九子龙的谅解，曹东方称自己并没有拿到钱，钱在文武手上，阿丽很失望，但仍然舍不下曹东方。 九子龙得知此事，认为曹东方已无可救药，早晚会成为自己的心腹大患，决心背着阿丽除掉曹东方。文武既不同意与曹东方合作，更否认钱在自己手中，反而要求曹东方拿出刘亮的钱，因为刘亮已经将这笔钱交给银通公司处理，银通现在才是这笔钱的合法主人。 曹东方意识到自己陷入两面受敌的不利境界，为摆脱困境，返回喀布，向九子龙当面说清。邓刚等人为了彻底清除九子龙集团，指示火狐文武盯住曹东方，伺机打入九子龙集团内部。
文武以追债为名，赶往喀布，韩雨认为他不值得为了刘亮这笔钱如此兴师动重，何况其中有许多无法预知的危险存在。文武再三解释，韩雨仍然心存疑虑，文武干脆一走了之。曹东方面见九子龙，表示那笔钱仍在文武手中，自己也是被骗的人，九子龙不肯相信他的话，特别是阿西报告九子龙，文武已经为追债来到泰国，如果钱在文武手中，他何必如此。九子龙要处死曹东方，被阿丽苦苦阻拦，九子龙面对自己最心爱的养女的请求，不忍当面杀死曹东方，命令曹东方立刻到龙海去打前站，设立新的贩毒网络。 九子龙表示对文武很感兴趣，打算见他一面。文武刚到喀布，便接到九子龙的邀请，请他到九子龙的游艇上会面。
阿丽把曹东方送上去虹港的班机，阿西在暗中监视，直到确认曹东方进入登机室才离开，但实际上曹东方并未登机。 文武在九子龙的游艇上收到一条神秘短信，告诉他炸弹即将起爆，文武跳入水中，身后的游艇剧烈爆炸，九子龙等人尸骨无存。然而，死了的九子龙其实只是一个替身，真正的九子龙早就看出曹东方的用心是要嫁祸文武，所以早有防备。 阿丽通知曹东方返回喀布，曹东方拍胸膛保证自己一定会回去，但当他从机场悄悄返回住处时，却发现文武已经在那里等着自己。文武明白曹东方这样做是为了嫁祸给自己，曹东方为了使自己没有嫌疑，不但不能杀了文武，反而还要保护他。 九子龙的葬礼上，曹东方提出以阿丽为集团首领，阿丽却告诉大家真正的九子龙没有死，九子龙原来是个女人，曹东方等人全都蒙在了鼓里。这个秘密多年以来只有阿丽一个人知道。一些头目不服，九子龙运用雷霆手段，震慑众人。九子龙认定是曹东方杀了假九子龙，派出杀手暗杀曹东方。文武要利用曹东方钓出九子龙，于是帮助曹东方逃过一劫。 阿丽哀求九子龙不要杀曹东方，九子龙终于说出阿丽其实是她的亲生女儿，她不希望阿丽重蹈他的覆辙，因为过度相信男人被骗，但阿丽深爱着曹东方，请求九子龙无论如何饶曹东方一命，并亲自去找曹东方，要求他一定说出真相，曹东方斩钉截铁地告诉阿丽，钱确实在文武手里。 王小波感化了麻三，发展他成为警方线人。九子龙将文武和曹东方找到她的别墅，在宴席上对文武百般试探，文武巧妙应对，深得九子龙赏识，文武也坦诚刘亮地那笔钱在自已手中，希望用这笔钱来同九子龙进行合作，九子龙不置可否。九子龙在宴席中欲杀曹东方，被文武救下。
九子龙放走曹东方和文武两人，让他们在龙海发展新的基地。这样自己可以借助曹东方和文武发展力量，而且不用自己冒险。 曹东方向文武暗示，九子龙不会永远一手遮天，只要他们两人携手合作，总有一天可以取代九子龙的位置，文武以退为进，以九子龙为人太阴险为由暂时拒绝了曹东方的提议。 文武向邓刚等人建议将九子龙贩毒集团引入龙海，这样可以将毒贩，特别是轻易不露面的九子龙抓获，邓刚等人经过研究，认为此计虽然冒险，但却是唯一办法，同意了文武的提议。 文武回到虹港，在疲劳至极的状态下无意中向韩雨透露出要回龙海发展，韩雨怀疑与刘亮那笔钱有关，要追问时，文武却矢口否认。 韩雨的父亲，龙海市市长韩光明率龙海招商考察团来到虹港，文武借此机会将曹东方引见给韩光明，曹东方表示自己有意在龙海进行医药行业的投资，韩光明表示欢迎，并派市医药局局长和曹东方深入探讨投资事宜。 阿丽恳求九子龙同意与曹东方、文武合作。九子龙现在也无计可施，终于无法拒绝亲生女儿的要求，同意三方合作，阿丽到达虹港，经过与曹东方，文武三方的谈判，终于确定了合作的方式。 文武悄悄离开虹港，委托费华替他向韩雨解释，韩雨虽然怒火冲天，但已经没有办法改变。王小波得知曹东方和文武入境后，随即开始对两人进行监控，文武发现后通知李海明将人撤走。 文武和曹东方共同投资的东方集团建立工作顺利，很快便开始了运营，文武却从韩光明处得知韩雨也将返回龙海，他想劝阻韩雨但韩雨已下定决心，她认为自己只有这样才能保证文武不走上犯罪道路。曹东方找到了阿昆在龙海的手下麻四，威逼利诱使麻四背叛九子龙而为其服务，并准备在麻三出狱后由其负责制毒，与此同时，王小波仍然对曹东方和文武深怀疑虑，背着李海明继续对两人监控，并将线人麻三放出狱。王海得知文武到达龙海，怀疑文武就是自己失散多年的儿子，于是让王小波请文武到家里来吃饭。
文武多次试探曹东方，希望能了解其毒品交易的核心内容，但曹东方对其始终抱有戒心。曹东方指使麻四通过赌博使韩光明之子韩阳逐渐落入其圈套，韩阳欠下巨额赌债。 曹东方控制了九子龙在龙海的全部交易渠道，令九子龙大为震怒，命令阿昆到龙海暗杀曹东方，但在文武协助下，被曹东方躲过。 阿丽恳请九子龙不要杀曹东方，九子龙也认识到这样斗下去最终后两败俱伤，派阿丽赶到龙海与曹东方谈判。曹东方也发现自己的实力不够，如果继续与九子龙明斗下去，将无法达到自己的目的，因此曹东方接受了阿丽的条件，同意由九子龙提供交易渠道，自己负责在龙海制毒。九子龙派阿西到龙海帮助曹东方制毒。 韩雨由虹港回到龙海，她对文武与曹东方的合作十分担心，害怕文武因此走上犯罪道路，文武不想让韩雨卷入更多，提出重新考虑两人的关系，韩雨很是痛苦。 文武知道阿丽来到龙海，明白九子龙和曹东方一定达成某种协议，他要求参与到毒品交易之中，九子龙指示曹东方可以安排行动以考验文武。 曹东方的妹妹曹燕从国外回到龙海，曹东方专门为她开设一家戒毒疗养院，曹燕担任院长，实际上曹东方打算借这间戒毒疗养院来制造冰毒。 曹东方安排阿西与文武一起去进行一笔交易，邓刚得到文武的情报后立刻命令王小波行动，王小波先在海上逮捕了交易另一方，然后化装赶往交易地点。文武看到王小波后，告诉阿西来的是警察，随即引爆炸弹，炸毁毒品，带着阿西从海上逃走，此举赢得了曹东方的信任，曹东方派阿丽到虹港调查交易另一方的底细。
文武刻意靠近阿西，阿西酒醉之下向文武吐诉心事，将救过自己一命的文武引为知已。王小波怀疑在交易现场引爆炸药的人是文武，将文武带到公安局进行盘问，文武巧妙应对，令王小波抓不到把柄，李海明得知此事，立即命令王小波放人，令王小波十分不满，认为领导缚束了自己的手脚。 文武从公安局出来正遇上来采访的韩雨，韩雨对他误会更深。文武应王海之邀到王家吃饭，王海讲起自己在文家渡的往事，曾经有一个孩子被遗失在那里，只有以胸前的玉坠相认，文武知道王海就是自己的父亲，但因为工作的原因，他不敢与王海相认，王海不明白文武为什么不认自己，十分失望。 阿西眼见阿丽和曹东方出双入对，对阿丽已经死心，他对曹燕一见钟情，请曹燕吃饭，试探曹燕是否有男朋友，曹燕对他戏弄一番之后告诉阿西，自己是独身主义，不打算找男友，令阿西大失所望。 阿西奉曹东方之命接近表姐黄美兰和做刑警的表姐夫罗齐，不断送钱送物，令罗齐夫妻俩十分感激。在阿西暗中煽动下，黄美兰带领药厂工作闹事索要工资，令市里领导十分头痛。 王海再次把文武请到家中吃饭，文武终于承认王海是自己的父亲，但出于不可明言的状况，他还暂时不能相认，但这已经让王海备感欣慰。 曹东方趁市药厂濒临破产，市领导焦头烂额之际，提出投资兴建药厂，市领导十分高兴，双方很快将相关事宜洽谈妥当。 王小波到戒毒疗养院了解吸毒人员情况，遇见曹燕，两人对彼此的感觉极好，阿西知道此事，汇报给曹东方，曹东方命令曹燕不许再与王小波接触，反而让曹燕十分反感。 阿丽去虹港调查回来，认为文武的背景有些可疑，但阿西为文武说情，曹东方试探文武，文武坦言自己虽然从警察院校毕业，但为赚钱来到虹港，早已与警界无关，曹东方虽有戒心，但他对文武十分倚重，决定还要再对文武进行考验。小波约文武在黑风崖见面，文武同意，并将此事告知曹东方。
