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伐周兵败，穷途末路的纣王，回到朝歌。他面对茫茫虚空，咒骂人类之母女娲娘娘，招致天鸟啄脸。纣王看着自己日益溃烂的面目和江河日下的成汤，万念俱灰。这时凤来突然出现在后宫，她告诉纣王：她与假苏妲己其实都是妖精，现真苏妲己已死，狐狸精被殷洪困于轩辕坟旁。凤来说服了用情至深的纣王，让他用自己的真情救出狐狸精。申公豹施法窃取苏妲己尸身，但苏妲己之父早已料到其会再来盗取苏妲己尸身供狐狸精附体，于是准备了一副同样美丽的女子尸体，狐狸精再次附身在这具尸身上。九尾狐和凤来恢复了纣王日渐溃烂的面容，商纣的势力也得以慢慢加强武王姬发身负血海深仇，顺应民意，燕山誓师。他拜相父姜子牙的为扫荡成汤天宝大元帅， 率黄飞虎、苏护等大将，杨戬、哪吒、黄天化、雷震子等小将共八十万大军起兵讨伐纣王。狐妲己和凤来利用妖术附身村民，诬谬武王为人面兽心的好色之徒，使前来会师的各路诸侯不再信任大周，纷纷不战自退，周武王的伐纣势力大大削弱。 这时申公豹推荐各怀绝技的魔家四将出山应对周军，魔家四将各使法宝，周军应对不暇。周军初战失利。
再次交战，杨戬和马成龙的上半身被魔家四将的法宝花狐貂吞了下去。立了大功的花狐貂又被魔礼寿以食物为诱惑，受命去周军军营吃掉姜子牙和姬发。被花狐貂吞食的杨戬后，在其腹中闻之要去吞食主公，立马摘其心，将花狐貂至于死地。后他又施展七十三般变化，将自己变成花狐貂，进入商营偷取魔家四将的宝物，破了魔家四将的法术，使商军元气大伤。朝歌之中的纣王得知此信，旧疾复发，口喷鲜血。此时已深爱上纣王的狐妲己为了不让纣王的病情恶化，代理朝政，任命申公豹为军师，并派实力强大的邓九公奉旨出兵，阻击周军。凡根未净的土行孙听信师叔申公豹的挑唆，前去投靠邓九公，希望能阵前立功之后，娶得貌美绝伦的邓九公之女邓蝉玉。但因土行孙身材矮小、相貌丑陋，并不受邓九公的重用，只落得个督运粮草的小官。邓九公被哪吒的乾坤圈所伤，邓婵玉为父报仇，用彩石打伤哪吒和黄天化两员猛将。邓婵玉正得意的以为周军会败与她手下之时，却被杨戬的哮天犬咬伤。
邓家父女伤痛难忍，寻遍名医皆未果，痛苦万分。土行孙主动献宝，用仙丹治愈了邓家父女的顽疾，终于使邓氏父女对他另眼看待。邓家父女大摆宴席以答谢土行孙，土行孙酒后夸下海口，言称必能击退周军，要求成为迎战周军之主帅，得到邓九公的首恳。并在交战中，将哪吒和黄天化生擒，立下战功。邓九公设宴为土行孙庆功，高兴之余酒后许诺了土行孙与爱女邓婵玉的婚事，欲促其继续捉拿周军将领。但邓婵玉却私下表明：自己并不喜欢土行孙。邓九公察觉自己酒后失言，安慰女儿说只是酒后之言，不必认真。土行孙信以为真，并且早已对邓蝉玉倾慕已久，大喜过望。着急着要去杀姜子牙和武王，以报答邓九公的配女之恩。土行孙连夜借用地行术来到周营，欲行刺周武王和姜尚，被早有防备的杨戬击退。在与啸天犬争斗之际，土行孙显露出了地行术，让姜子牙识破了身份。请来他的师父惧留孙将其降伏，并审问出了土行孙助纣伐周之原由。
姜子牙得知土行孙心念邓婵玉，遂答应他只要劝降邓九公，就成全他与邓婵玉的婚事，土行孙大喜过望，诚心归降。散宜生利用与邓九公的亲戚关系，只身一人前往商营为土行孙说媒。邓九公表面同意婚事，实则暗中安排刺杀武王和姜子牙。周武王与姜子牙早已识破邓九公的阴谋，索性将计就计，主动率杨戬等众将进入邓九公所设之局，反击邓九公，混乱中邓九公拼死出逃。土行孙奉命救出了哪吒和黄天化，后又用捆仙绳绑了前去平乱的邓婵玉，硬是把她抢回了周营。邓蝉玉以泪洗面，拒绝婚事。周将无奈，只请得苏夫人前去劝说。情势所逼，邓蝉玉只能就范，嫁与土行孙，但有一条件：土行孙要变高。土行孙在师父、师叔及众师兄的撮合、帮助下，终于如愿长高许多，却因此而失去地行术的本领，邓婵玉深受感动，与之喜结连理。
邓禅玉以西周将帅之名出使商营，对父亲邓九公苦口婆心，言明利害，并澄清自己是自愿嫁与土行孙。邓九公对女儿抱以歉疚之心，最终在女儿的劝说下决定弃暗投明，反纣归周。消息传到朝歌，以为边官有捷报的纣王翻阅奏折，立马气得口吐鲜血，晕倒在地。心系纣王的九尾狐急召申公豹商量对策，九尾狐命孔宣为帅，剿灭叛贼。另一方面申公豹决定先擒武王以阻挡周军东进。两方双管其下。这日，孔宣与汜水关守将韩荣共商抗周大计。申公豹施毒计，将武王挟持，丢入山崖之下。被山下淳朴的村民救起。申公豹用激将法请来瘟疫鼻祖吕岳向山村散播瘟疫，使山村的百姓的性命危在旦夕。愚昧的村民因此迁怒于从天而降的武王，认为是他带来了瘟疫，不敢透露身份的武王姬发被锁进猪笼。倒是郎中之女子鱼始终对姬发呵护有加，不离不弃。纣王长子殷郊不忍殷商江山成为大周土地，不顾师父广成子好心相劝，违背师意，偷了师父的镇洞之宝番天印、落魂钟和雌雄剑，偷偷下山，并发誓：废除纣王，重振殷商！途经白龙山，遇温良、马善兄弟，后三人又孔宣、韩荣会合。金鸡岭下，两军对阵，殷郊携温良、马善用落魄钟术生擒了黄飞虎父子。
殷郊得知黄飞虎就是自己多年之前的救命恩公时，念及旧情，将黄氏父子放回周营，算是知恩图报。子鱼偷出钥匙，救了化名仲发的姬发。他们拖着病体历尽艰辛，向黄龙真人求得仙药，黄龙真人盛赞姬发、子鱼为救百姓，舍己为人。依黄龙真人的嘱托，姬发、子鱼拖着病体在洞府内捣药，黄龙真人下山救人。姬发、子鱼捣药时因体力不支而累倒，没想到正是他们捣药时散发出来的药气，救了他们的性命。两人醒来后发现玄机，急忙捧着药罐下山就村民。村民们感激涕泠，对他们曾经关押武王进猪笼深感内疚。武王失踪后，周军一时群龙无首， 姜子牙让杨戬变作武王行事，以安军心。次日，姜子牙让黄天化引领着殷洪与其兄殷郊共叙旧情，二人抱头大哭。但因两人的立场不同，殷郊翻脸欲强行要带前去劝降的胞弟殷洪回营，殷洪苦口婆心的试图劝服殷郊皆未果。遭到殷郊的软禁。黄天化与殷郊交战，不料被被殷郊用番天印击中头顶当即身亡。面对黄天化的尸体，黄飞虎痛不欲生，情急之下口吐鲜血，不省人事。姜子牙见黄飞虎父子情深，父慈子孝，深受感动。姜子牙领着黄飞虎与黄天化的魂魄赶到封神台，把已故的黄天化封为三山正神丙灵公。黄飞虎见其子能得成正果，倍感欣慰，原神回到阳间。
殷洪怒斥殷郊毫无人性，竟然杀死了恩人之子黄天化，殷郊并未觉悟，反收了殷洪的法宝阴阳镜，殷洪进退不得。殷郊的师父广成子得知其爱徒偷宝逃跑、违背誓言，欲促使他觉醒。交战中，广成子不敌宝物，化做金光从天而去。杨戬冲出，生擒马善。周纪欲借马善人头祭奠黄天化的英灵，得到黄飞虎的首肯。哪知，刀剑和三昧真火都奈何不得马善，众将眼睁睁地见马善借火遁逃，无不大愕。姜子牙速命杨戬、武吉二人去借用照妖镜以正马善身份。引来孔宣正和众人猜测马善的吉凶时，马善归来，众人皆大欢喜，大摆酒宴。武吉和杨戬所变的山妞借口找人，引来马善，利用马善的色心照出他实则为灯芯所变。恰逢白鹤童子提着琉璃灯来找灯芯，武吉和杨戬再次故计重施，把马善引到白鹤童子所在，马善见到琉璃宝灯立马变回了灯芯。殷郊和温良以为马善被周军所擒，遂与姜子牙、杨戬大战，败阵而逃。治伤时，申公豹带着四位截教的瘟仙前来，并扬言要将周军一个个都病倒死绝。混在村民中的姬发被潼关总兵于化龙的公子于先当成壮丁抓为商兵，子鱼身着男装死活也要和姬发前往。哪料，于先早就看出子鱼是女儿身，欲调戏子鱼，姬发上前拼力保护。千钧一发之际，雷震子从天而降，救下了危难中的两人。武王不顾自己的安慰，执意要雷震子带着子鱼先走，自己孤身御敌。身负重伤的武王不敌，反被商军生擒。瘟疫鼻祖吕岳和孔宣、殷郊密谋，把瘟疫传给周军。借两军交战之时，截教的四位瘟仙各持宝物，使周军大将纷纷倒地，却不追杀，任其逃回周营，以传播瘟疫。姜子牙请来师姐慈航真人，救活了金吒等人，并派杨戬变换成苍蝇前去敌营探听到吕岳他们的计划和宝物。
毒逾蛇蝎的瘟仙吕岳在与姜子牙交手中受了重伤，怀恨在心，欲把瘟丹投于周营附近的水中，使西周军士皆因疫而亡。深表赞同的殷郊更是狠毒，要加害西岐军民，使之饱都受瘟疫之苦。四人狼狈为奸，把瘟疫丹撒在了西歧的水中。大周几乎人人染上瘟疫，毫无战斗力可言。殷郊急于登基，取代纣王，下令孔宣斩草除根，直取西岐。杨戬、哪吒随姜子牙奔赴西岐治病救人，由黄飞虎主持军务。姜子牙受慈航真人点拨用障眼法，撒豆成兵，吓退孔宣、 陈庾的五百骑兵。雷震子、子鱼赶来救下武王，随同的一行人也一起获救，谁知误饮了带有瘟疫的水源，全部病倒，武王意外发现得过瘟疫的人皆具抵抗力，其血可救治瘟疫。在雷震子身上小试得到证实后立马赶回周营，救回了处于水火之中的周军将士。武王料到周军将士因瘟疫病倒，商军会前来劫营，遂命雷震子、龙须虎和薛恶虎各率五千精兵，埋伏在营内，静待来敌。这边，殷郊和吕岳也正密谋夜袭金鸡岭。
是夜，果不其然，吕岳带兵夜袭金鸡岭，不料被埋伏好的周军聚而歼之。吕岳被姜子牙用打神鞭打得狼狈不堪，逃回九龙岛，修炼瘟术以抱今日之仇。其他四大门人，全部阵亡。殷郊受申公豹鼓动，欲以玉虚法术和番天印大破周军。姜子牙和广成子等人用四色宝旗捉拿殷郊，无奈殷郊罪不可赦，四仙用天犁犁掉殷郊的头。殷洪得知皇兄惨死的噩耗，悲痛不已，割喉身亡。元帅孔宣即派大将孙合，给刘庚报仇雪恨。孙合前往周营为刘庚报仇雪恨，不料被黄飞豹结束了性命。孔宣的五军救应使高继能看着孙合丧命，与黄飞豹交战。黄飞豹不幸阵亡，哪吒也被高继能的蜈蜂咬伤。姜子牙提议黄飞虎去借崇黑虎的铁嘴神鹰。几经辗转，黄飞虎请来崇黑虎和请他的铁嘴神鹰来破高继能的蜈蜂。黄飞虎前去向崇黑虎借用铁嘴神鹰来克制施放蜈蜂途中经飞凤山，结识了文聘、崔英、蒋雄三雄。焰中仙罗宣和刘环受申公豹指示，前来相助孔宣，刚巧高继能被哪吒的乾坤圈所伤严重，罗宣自制丹药顷刻间医好了高继能的伤。此事令孔宣对罗宣信任倍增。二人率兵大战姜子牙等人，不料被玉虚弟子打得落荒而逃。武王在教子鱼剑法时，二人情意绵绵。坠儿理解二哥武王与子鱼姑娘的患难真情，慈航真人收坠儿为徒，道号龙吉。
二人回到营内，遂与孔宣再次商量对策。罗宣、刘环用火焰箭火攻周营,顷刻之间，西岐城已陷入火海之中！广寒仙子临风赶到，撒下雾露乾坤网，所到之处，雾露凝成水珠，西岐城内普降天雨，方才灭了大火。武王与雷震子仰面望着天空降雨的广寒仙子，顿生仰慕！广寒仙子用二龙仙剑斩了刘环，又奔罗宣而去。罗宣跌落火里，借火遁向西逃亡,却被闻讯赶来的黄龙真人弟子韦护取了首级。面对外貌酷似妲己的广寒仙子，武王感慨万千，再三找寻借口，极力挽留……两军对阵，高继能不敌被杀。黄飞虎、崇黑虎、文聘、崔英、蒋雄五将轻敌误以为胜利，冷不丁反被孔宣捉拿。孔宣、罗宣、刘环、陈庾四人聚齐大战姜子牙。刘环臂上中了哪吒一乾坤圈，慌忙借土遁逃走。罗宣看势不好，慌忙逃回商营。姜子牙得知，率哪吒金吒、木吒迎战，败回，龙吉公主赶到，和姜子牙商议用师父所赠照妖镜对付孔宣。
