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在Abu Fayed发动恐怖袭击的四年后，CTU被政府解散了。Jack Bauer在参议员Mayer所主审的参议听证会上被称使用了酷刑等非法手段来防止恐怖袭击。FBI在首席安全工程师Michele Latham被绑架后知道他们要入侵国家基础设施计算机。因为Jack曾与本次行动的策划者之一的Tony Almeida共事过，被传唤并要求他参与帮助这次的调查。而Latham被迫要给恐怖分子修理CIP装置。Jack和Renee审问一个和Tony有关的中间商时，那人被狙击手杀害了。
为了表明修补好的CIP装置可以进入国家电脑系统，Tony对航空中心实行了控制。总统Taylor和首相Matobo对派兵援助Sangala而进行磋商，第一先生Henry寻找与他儿子死因有关的线索。其间，一个FBI中的内奸帮助那名狙击狙击手逃脱了追捕。Jack和Walker探员跟踪着那个狙击手到快艇上，在那里逮捕了Tony。然而，CIP装置在此前被转到了Emerson一帮人的手中。
当Tony被FBI审问时，他暗中给Jack一个联系Bill Buchanan的电话。Bill Buchanan后证明Tony是卧底。他们和Chloe一起试图阻止一场涉及CIP装置在内的政府阴谋。Henry和他儿子的前女友Samatha见面。Colonel Dubaku拿到了CIP装置，威胁美国政府从Sangala撤军。为了让Tony继续做卧底,Jack在Chloe和Bill帮助下解除了Renee的武装，让Tony从FBI的手中逃跑。
Tony回到Emerson的基地继续做卧底，并把Jack介绍给他。Dubaku要求Emerson绑架首相Matobo和他的妻子。Henry从Samantha那知道他儿子是被杀害的，因为他要揭露一个阴谋。Renee不顾对她事业的不良后果对狙击手进行了非法拷问。狙击手说出了Emerson的下一个计划，绑架Matobo。正当Renee和FBI取得联系告诉Matobo有危险时，Jack、Tony和Emerson突然袭击了Sangalan的大使馆，迫使Matobo夫妇躲进了安全屋。
Jack用毒烟迫使Matobo夫妇打开安全屋的大门。Renee在大使馆查看情况，但被Emerson抓住。Emerson要求Jack杀死Renee，不过Jack只擦伤了Renee头颈并让Renee看上去死了。然而Emerson要求他和Tony把Renee埋了。探员Larry Moss和Janis Gold被迫参与Renee折磨狙击手的司法调查。Henry发现他的特工队保镖Gedge参与了那场阴谋。Gedge用药使Henry麻痹，和Vossler准备在Henry和Samantha揭露阴谋前杀死他们。
Emerson怀疑Jack加入的动机，用枪指着他，迫使Tony向Emerson开枪。Jack和Tony向Matobo夫妇说明情况并成功说服他们有关于要把他们交到Dubaku手中以便追踪Dubaku的计划。Bill和Chloe救出Renee使她加入了这场行动。Dubaku的手下Nichols用钻石和Tony交换Matobo夫妇。随后Nichols下令杀死Tony，不过埋伏好的Jack杀死了Nichols的手下，要求他履行交易。就这样Nichols把Matobo夫妇带走。Colonel Dubaku在白宫附近制造了两架飞机相撞的惨剧，共杀死了271人。不过，Taylor总统还是拒绝从Sangala撤军。在Vossler的帮助下，Gedge引诱Samantha进入了她的公寓并在Henry面前杀死了她。Gedge试图杀死Henry并伪造成畏罪自杀，结果在Henry恢复行动能力后被Henry杀死了。
Jack、Tony、Bill、Chloe和Renee通过追踪Matobo夫妇找到了Dubaku的藏身处。Dubaku准备用CIP装置远程遥控化工厂的设备，散布有毒物质。Jack一伙营救出了Matobo夫妇，杀死了Dubaku的手下并在Dubaku散布有毒物质前破坏了CIP装置。修复CIP的Michael Latham在此过程中被杀害了。Dubaku成功地逃出并要求Vossler绑架Henry。Vossler进入Samantha的公寓。Jack和他的同伴们现在被暴露了。他们决定与那些没有受贿的政府人员合作。当Jack小队准备和Taylor总统会面时，Tony则留在Bill的家中着手另一个线索。因为他害怕他将因曾在Emerson的组织中参加过一些非法活动而遭逮捕。
Jack和他的小队来到白宫。在哪里他们得到了Taylor总统的支持。Dubaku威胁要是Taylor不撤军就杀了Henry。Jack和Renee在Larry的合作下，找到了Vossler和他的家人。Jack拷问Vossler，让Renee威胁他的家人。Jack知道了Dubaku的所在，在Vossler的攻击下被迫杀死了他。Dubaku从藏匿处出来，去见他的女友Marika。Jack和Renee进入了Dubaku的藏匿处杀死了Dubaku的手下。不过Henry在此过程被击中腹部。
Henry被送去做手术。Jack和Renee追踪银行转账查到了Marika。Dubaku说服Marika和他一起离开美国，为她办出国手续。Jack和Renee在Marika的公寓找到了她，告诉她Dubaku曾犯下的暴行，使Marika十分震惊。Marika同意了在她身上装追踪器。Dubaku从他的美国同谋那里取得了护照，并警告他们如果自己死了的话要把他们的名字向司法部公布。在FBI，Chloe和Larry帮助下Jack和Renee追踪Dubaku。探员Sean Hillinger原来是Dubaku的同谋，发布了Jack和Renee的逮捕令成功地拖住了他们的脚步。根据Taylor总统的要求，Bill派Aaron Pierce把总统的女儿Olivia带来。
Marika和Dubaku在小巷里吵了一架后，他们上了去机场的路。Larry撤销了逮捕令，让Jack和Renee继续追踪Dubaku。Marika制造了车祸，阻止了Dubaku的逃跑。Marika死在了车祸中。Jack从Dubaku的身上发现了装有同谋者名单的磁片。Larry和Chloe开始扫描磁片，但Sean和他的同谋Erika擦出了服务器上的数据。Sean杀死了Erika并弄伤了自己以掩盖真相。然而，Chloe通过镜像服务器恢复了数据。Sean被逮捕。当Taylor总统从医院回来时，Bill请求她考虑撤销Jack的听证会。一直与总统不和的Olivia和总统相聚了一会儿。Tony告诉Jack，Dubaku的上司，将军Juma即将亲自发动攻击，而且Mayer的手下里有人参与了此次行动。总统传召Mayer到白宫商议有关Jack的事情。而Mayer的参谋长Ryan Burnett被通知Juma将按时行动。
