在广袤安宁的原始森林中，快乐的蓝精灵们正在预备一年一度的蓝月亮节而就在这欢欣忙碌的关头，他们的宿敌——罪恶的巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰）和他的宠物阿兹猫闯入了蓝精灵的秘密领地。遭到惊吓的蓝精灵四散而逃，其中不幸的笨笨（安东·尤金 Anton Yelchin 配音）则盲打误撞跑进了听说曾经死掉99个蓝精灵的瀑布出来。最终，笨笨连同营救他的蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等卷入了奥秘的漩涡，离开了美国纽约的中央花园。在这个完全生疏的世界，他们失掉化装品业的帕特里克（尼尔·帕特里克•哈里斯 Neil Patrick Harris 配音）的协助。为了前往大森林，蓝精灵们想尽各种方法。与此同时，格格巫和阿兹猫也离开纽约……本片依据比利时漫画家沛优（Peyo）及其夫人共同创作的漫画改编，早年曾被美国引进制形成TV版动画。
