隔着玻璃窗，保科恭子注视着手术台上的年轻男子。年轻男子被摘取器官后生命垂危，恭子接过护士递过来的致命针剂，将男子推往焚化间。她的表情中看不到感情，完全是心灰意冷听天由命的样子。对她而言，这就是使命。20年前，恭子生活在坐落于深山中的“阳光学苑”。在学苑中的孩子们都生活在宿舍中，一起接受教育。某天，恭子看到同班同学土井友彦因被男孩子们欺负而发起脾气来。恭子不假思索前去安慰友彦。但是友彦仍十分气愤，还把恭子推到一边，以酒井美和为首的女孩子们替恭子不平。就在这天，新任体育保健老师老师掘江龙子来学校报到。龙子是受校长麻川惠美子的教育理念感召才来就职的，不过，观察了学校的情况后，她感到惠美子对孩子们的教育有不妥之处。就在这时，恭子等四年级学生被集中在礼堂，听惠美子宣讲重要事情。惠美子告诉孩子们，他们生下来是负有使命的。
恭子听校长惠美子说阳光学苑的学生们都是负有特殊使命的人，未来他们要用自己的器官帮助有需要的人。虽然被惠美子称赞为“天使”，但恭子和其他孩子还是感到不安。就在大家用各种想法来试图接受自己的命运时，只有友彦注视着学校的高墙，在想像中畅游龙子给他讲过的多姿多彩的外部世界。龙子觉得惠美子对背负着残酷使命的孩子们说他们是天使的洗脑言论十分不满，责备惠美子伪善。然而，惠美子无动于衷，龙子也束手无策。这时，一年一度的展示会快开始了。对于阳光学苑的学生们来说，这是他们换取能在贩卖会上使用的代币的重要机会。为了能让贵宾“夫人”选中，美和等人努力创作艺术作品。然而，美和创作的雕塑并没有得到“夫人”的青睐。为了美和，恭子拦住了夫人。而20年后，恭子与夺走她的一切的女人美和重逢了。美和向担任她的看护人的恭子向起20年前的凶杀案。20年前，在龙子暗中鼓励下，友彦与圣人、广树尝试到外面的世界去。圣人和广树翻墙逃了出去，但友彦没能成功。不久，惠美子向学生们宣布圣人和广树下落不明。很快，学校的大门上出了染血的球鞋。学生们认为圣人和广树被森林中的杀人魔害死了。惠美子告诉龙子，阳光学苑的学生毕业后能得到三年不提供器官的特权，这是因为在她教育下学生们温顺听话，能成为合格的看护人和提供者，而龙子向学生灌输外部世界的知识，令他们产生不实际的幻想，结局只能像圣人、广树一样，早早就成为儿童器官提供者。
日月如梭，恭子、和美和友彦即将从阳光学苑毕业，接下来他们会到一些被叫做“农舍”或“公寓”的设施生活。从学苑到那些设施是以两到三人为一个单位，关于谁和谁一起去“农舍”成为学生们热衷谈论的话题。和其他人一样，恭子也为去哪个“农舍”而烦恼。恭子的朋友花和珠世都觉得与美和在一起很累，希望恭子可以离开美和，和她们一起生活。这时，恭子带着礼物去见正在踢足球的友彦。二人谈起“农舍”的话题，当恭子问起友彦想去哪里时，友彦回答说恭子决定去哪里他就去哪里。他的话让恭子既窘困又高兴。某天，友彦告诉恭子他将来想进入职业球队。恭子和友彦一起憧憬着未来。然而，龙子却说他们无法成为任何人。
美和向恭子宣布她与友彦正式交往了，并力邀恭子与他俩同住。从学苑毕业后，恭子、友彦、美和搬到被称为“农舍”的房子生活。在那里，与他们共同生活的是同为克隆人的前辈浩介、亚久里等人。浩介他们皆非阳光学苑出身，通过交谈，恭子、友彦、美和才知阳光学苑有多么与众不同。因为不能适应新环境，恭子渐渐被孤立了。眼见着美和与友彦卿卿我我的样子，恭子越发自我封闭。就在这天，在其它“农舍”生活的真实写信给恭子，邀她见面。
浩介像防波堤一样支持着被孤立的恭子。然而，好景不长，浩介离开“农舍”去当看护人了，恭子仍是孤单一人。这天，美和听住在同一农舍的亚久里说看到了可能是她的“本体”的人。美和既烦恼又渴望见一见克隆出自己的“本体”，最终决定由恭子、友彦、亚久里、让二陪着她一起去见那个人。另一方面，友彦发现惠美子曾告诉过他们的“希望之崖”，就在美和寻找本体的小镇的附近，据说遗失的东西都会漂流到那里。
恭子向友彦表白，她为拥有了美和所不知道的、与友彦共有的秘密而兴奋不已。另一方面，友彦收到龙子的来信，根据信中内容以及一直在克隆人中流传的传说，友彦猜测出身阳光学苑的人如果满足某项条件可以过三年自由生活，然后才开始“提供”，这就是所谓“延期”。友彦相信通过画画可以获得“延期”，为了能与恭子一起获得“延期”，虽然讨厌画画，但他还是决定努力画画。美和发现此事后不惜造谣中伤恭子。另一方面，真实突然来找恭子。真实笑着说只是想看看恭子，但是，恭子觉察出她和平时的样子不一样，心中不安起来。
恭子离开美和、友彦所在的农舍搬到其他机构，后来友彦、美和也分道扬镳。时光荏苒，已经做过两次器官提供手术的美和指名要恭子做她的看护人。虽然怀着各种想法，但恭子还是继续照顾着美和。住在其他康复中心的友彦也提出要恭子当看护人，恭子因为没有整理好情绪，所以没答应。这时，恭子从康复中心的工作人员处得到了美和下一次提供器官的资料。将“提供”一事告知当事人是看护人的工作，所以恭子打开资料看了一下，没想到上面写着“三种器官同时提供”。这实际上意味着美和将在手术中死掉。恭子再三追问，工作人员说这是已经定下来的事无法更改。恭子束手无策。另一方面，美和说，她最后的愿望是和友彦、恭子一起去阳光学苑。
按美和所期望的，恭子、友彦、美和三人一起重返阳光学苑。当初学校所在之地已面目全非，代之以用于培养提供者的收留所“home”。友彦与恭子谈起踢足球的往事，美和悄悄离开。美和迟迟不归，“home”的守卫带恭子和友彦到建筑中去找她。在那里他们看到了一群正在跳绳和玩游戏却异常安静、毫无生气的孩子们。三人平安会合后准备离开时，却看到了与小时候的恭子长得一模一样的女孩。从阳光学苑回来的路上，美和感谢恭子、友彦给了她与他们重聚的机会，并且讲述了她一直以来的想法。
恭子和友彦终于决定在一起。恭子继续做看护人，同时为了抓住唯一的希望——“延期”，她开始寻找惠美子。万分焦急的恭子无论如都要在友彦下次进行提供前找到惠美子。终于，功夫不负苦心人，通过当年夫人从阳光学苑带走的学生们的绘画，他们找到了惠美子的住处。为了证明他们之间的爱情以便获得“延期”，友彦带着他画的画去拜访惠美子。
得知被他们视为唯一希望的“延期”根本不存在时，友彦心灰意冷。正这时， 他收到第三次“提供”的通知。一般来说，提供者在进行第三次提供时便会迎来死亡。虽然有个别提供者熬过了第三次器官摘除手术，不过，即便如此，提供者也会变得身体极度虚弱，连一个人上厕所都做不到。友彦不想让恭子看到自己狼狈的样子，变得自暴自弃，并提出不再让恭子担任他的看护人。恭子虽难过却拼命想说服他。某天，她接到友彦昏倒的消息。这时，恭子与龙子重逢。龙子听恭子说了友彦意气消沉的情形后，建议带友彦一起去看足球比赛。在足球场，龙子介绍了一个特殊的人物给恭子和友彦。
