黎明时分，一个奇怪的人影潜入位于某住宅小区的宅邸。这个男人轻松破解严密的安防措施，平平常常地就打开了保险柜，然后留下一股优雅的烟草气味。第二天一早，目睹如此高明的作案手段，搜查三科刑警皇子山确信犯人就是传说中那除了烟草气味什么也不留下、谁都不识其庐山真面目的大盗——烟鸦。这时，不当班的年轻警察斑目勉在电车上遇到有人失窃。他不想糟蹋了休息日，所以打算假装没看见。结果，自己的钱包也被偷了。为了图安稳才当警察的斑目，每天的工作就是例行公事，他自己也对警察没啥向往。但是，警视厅的鲸冈千里听到传言后，把他调到了刑事部。虽然调到了刑事部，斑目所在的部门却不是华丽丽的搜查一科，而是专门负责盗窃案的三科，成为一名“小偷刑警”。斑目在酒吧向偶然相识的男子抱怨。他那副无用的样子让男子觉得不可思议，就在那人要离开时，斑目却叫他“烟鸦先生”，此言让男人呆住了。第二天，十年一遇的闯空门大盗“啄木鸟阿正”濑户正次郎又作案了，为了抓他，三科的众人展开调查。斑目本来和宝冢瑶子一起监视，但瑶子跷班，他单独跟踪时把濑户给跟丢了，受到上司的严厉批评。就在斑目屡受挫折时，烟鸦出现在他面前，称要让他抓住犯人，然后把他带到某个地方，“啄木鸟阿正”就在那里。斑目在濑户作案前抓住了他。然而，如果在被拘留的四十八小时里濑户拒不招认，那么警方就只好释放他。眼看案件追诉期限快到了，面对笑容满面的濑户，三科的刑警们都很着急。
斑目因为抓住大盗而被正式分配到搜查三科新设立的精英云集的13系。他本来欢欣鼓舞，但却发现那里不过是问题刑警的聚集地，不禁气馁。这时，系长鲸冈发布了本小组的第一件案子：小偷趁居民熟睡时潜入屋中盗窃。极度怕生人的搜查专家细面通过留下的痕迹推测作案的是人称“黑蛇”的大堂吾郎。不知为何，一听到大堂的名字，胜手田就火冒三丈。大家马上着手调查大堂的老窝。斑目和皇子山一起在大堂曾现身的地方调查，但是出身于搜查一科、自视甚高的皇子山称这样的工作自己不屑做，然后就回家了。在车站前监视的斑目很泄气，就在这时，烟鸦出现他面前。斑目抱怨说13系的众人毫无干劲，烟鸦却带他去看了正在行人中拼命寻找大堂的胜手田。斑目与胜手田一起调查。就在斑目走开时，大堂竟自动在胜手田面前现身了。斑目紧紧跟踪大堂，却因为低级错误没追上大堂，结果又挨批评了。在烟鸦暗中协助下，13系的调查出现重大突破。他们全体出动，埋伏在现场，想抓个现行。但是，到了大堂该出来作案的时刻，一伙神奈川县警却挡在13系诸人面前，调查面临中途而废的危机。
因破案有功，斑目被热血刑警胜手田单方认定为接班人，不得不接受他的严格指导。不过，斑目总是被派去做端茶倒水、打扫卫生之类的杂活，实在是干腻味了。另一方面，皇子山手下的美希，连日来被皇子山以“如果不去流行的店就抓不住流窜的小偷”的名义，带去参加法式宴会，她也是不胜其烦。就在这时候，发生了金块失窃案，犯人用高明的黑客手段破坏金库的电子锁抢走了金块。鲸冈认为这是相当有计划的犯罪行为，她觉得这样的案子13系对付不了，不如早早放弃，多抓些自行车小偷，那样更容易提高破案率。斑目提出从远离“精锐部队”的13系调走，可是无人理睬他。另一方面，在盗走金块的犯罪团伙的老窝，河原顺平正为自己的工作无人知晓而不满。这个团伙本业是电话欺骗，顺平因为开发了能解析金库密码的程序而被老大寄予厚望。这天夜里，斑目像往常一样在酒吧里发牢骚，烟鸦与他理论，可斑目不听。为了给他消愁解闷，烟鸦给了他游戏厅的优惠券。斑目到游戏厅后，与打对战游戏的对手相谈甚欢，不过，关于自己的职业他没有说实话，只是向对方抱怨工作。那个自称在IT行业工作的男子对斑目毫无戒心，问他愿不愿意到自己的公司工作。其实，那个男人正是盗窃团伙的成员顺平。斑目发现了顺平的真实身份后意识到这一开始就是烟鸦做的局，慌忙回了酒吧，不过，烟鸦劝他说当卧底可以立功。为了卧底调查，斑目欺骗了与自己很投缘的顺平，心中十分内疚。但是，离盗窃团伙下次作案的日子越来越近了。就在警方准备当场把这些犯人一网打尽的当天，13系负责设埋伏，而斑目面临着前所未有的纠纷和危机。
警方收到情报，因为东京都内要举行大型演出，全国的小偷团伙都闻风而至。为了警视厅的威信，三科针对这次活动展开了以系为单位的举报竞赛。13系在科被小看，所以系长鲸冈号召大家行动起来，让其他系的同事们看看他们系的实力，但部下们反应冷淡。就在这时，斑目被破格提拔，与过去的反扒专家左门搭档。他专注地跟着左门在街上巡视，学习反扒常识。结果，刚一天，他就累得要命，一下班就跑到酒吧向烟鸦诉苦。烟鸦告诉他，小偷与反扒刑警之间必须互相进行严格的修行，以便在匠人的世界认真地一决胜负。第二天，左门对斑目说，对于识别色狼、小偷，各有不同的“天眼”，要练成识别“小偷”的天眼，最少也要练三年。斑目听后顿时无语了。不过，左门说马上就让他见识一下用“天眼”识别、抓捕现行犯。左门高超的技艺让斑目吃惊。不过，他注意到有个手指带伤的男人笑着看完了全过程。听了斑目的话，左门意识到史上高强小偷“机械师银次”现身了，不由得脸色一变。银次真名大文银次，他使用特殊刀具贴身偷窃，而且坚守绝不伤人的原则。不过，银次五年前就金盆洗手了。而他这次现身东京，当着斑目和左门的面，再次施展偷窍绝技。斑目慌慌张张地要逮捕他，却被他耍弄了。不过，银次却对左门说斑目比三十年前的左门厉害，并忠告他们小偷们选在活动当天集结。13系的刑警们想搞清楚银次重出江湖的真实原因。
皇子山虽然人在13系，却出工不出力。他这种的态度让鲸冈慨叹。于是，她差遣斑目搞清楚皇子山心里到底在想什么，还说调查同事是只有精英才能胜任的工作。受了鼓动的斑目赶紧到酒吧去请教烟鸦，正巧皇子山也来到酒吧。皇子山像往常一样在烟鸦身边嗅探，而烟鸦却说“戴着有色眼镜看人，什么也发现不了”。皇子山扔下喝得大醉的斑目，前去跟踪烟鸦，没想到途中发现一位老人被杀。第二天，在13系，鲸冈让手下挨个报告有没有什么价值大的案子。鲸冈的审查过于严格，大家都很头疼。斑目报告的闯空门的惯犯“白昼蝙蝠”东村洋介的案子被选中了。而且，鲸冈还对斑目说比起到现场干脏活，他可以优先调查皇子山的事，这让斑目更加洋洋得意起来。关于优秀刑警皇子山为什么从搜查一科调到三科的理由，众说纷纭。斑目干脆直接去问当事人皇子山。皇子山说他是因为追查某个人才被突然调动的，又告诉斑目说烟鸦杀了人。就在这时，皇子山接烟鸦打来的电话，烟鸦告诉他一个地址。皇子山赶到后，发现那里有一具女尸。另一方面，东村一直没动静。在他公寓外监视的瑶子和美希觉得东村年事已高腿脚不便，应该不会再去闯空门了。斑目接到命令撤消定点监控。心情消沉的斑目在监视屋里收拾东西时，注意到东村在家里虔诚地祈祷。接着，因为意外事件之故，斑目时常到东村住的公寓里作客，他无论如何都要搞明白东村独自一人祈祷的理由。斑目和皇子山两人调查的案件意外地产生了交集。
斑目奉系长鲸冈之命，带拘留中的被嫌疑人到现场说明犯罪经过。他感到自己受重用，很开心。但是，他发现自己不过是作为没有驾照的美希的助手，负责开车兼拍照罢了，心里老大不痛快。到了酒吧后，他又一次向烟鸦抱怨自己总被派去干杂活儿。烟鸦见他把这次公干当成是旅行，就劝他多加小心，因为被嫌疑人可能会借机逃跑。斑目他们所负责押送的全职主妇鸟饲和子，一开始是因小偷小摸被捕，后来她坦白说自己还犯下65件盗窃案，总金额达到1500万日元。她专门找那些不锁门的人家闯空门。据说对她的罪行一无所知的丈夫听说她犯的案子后大受打击，生病入院。这次现场调查，皇子山和瑶子也作为助手同行。斑目他们开着车前往犯罪发生地——长野。和子观察到美希很紧张，而斑目吊二郎当，便在车子里高谈阔论掌握了谈话的主导权。到了现场，按照记忆力极好的和子的供述，现场调查进展顺利，但是，突然之间，居民们把和子包围起来痛骂。另一方面，烟鸦从某人手中拿到了关于皇子山的资料。啥也不知道的斑目继续带着和子进行现场取证，而暗中有个怪人正盯着他们。斑目觉得和子不是个坏人，特别是听她讲自己是如何走上犯罪道路后，更觉得她可怜。和子说自己人生不顺利，好不容易与现在的丈夫相识，却与继女处不好关系，只有在偷东西时才能感到放松。斑目特别同情她，跟皇子山等人说也许和子是有偷窃癖。这时，在13系的办公室，细面等人发现了和子不同寻常的经历，开始展开调查。果然是知人知面不知心，斑目他们正面临着意想不到的危险。
13系成员到多次发生盗窃案的医院卧底侦查。斑目和美希在卧底专家瑶子指挥下，装扮与实习医生和护士。因为考虑到可能是内部人员作案，所以医院内知道警方卧底调查一事的只有外科部长安斋与护理部长鬼冢。斑目怕被其他医护人员看出破绽，所以非常紧张，而瑶子却大摇大摆的冒充从其他大学来的医生，让斑目目瞪口呆。13系其他成员也以各种身份混入医院，胜手田装扮成清洁工，左门装成患者。另一方面，盗窃犯米田卓三装成探望病人的访客，在院内不慌不忙地物色着下手的对象。就在这时，皇子山担心最近没有再接触斑目的烟鸦可能是逃跑了，向鲸冈提议去烟鸦的家搜查，但是鲸冈却一心扑在医院盗窃案上，不同意入户搜查。在医院，斑目帮助了情况突然恶化的患者文子，文子和丈夫源藏十分感谢他。在谈话中，斑目了解文子在医院里丢了结婚戒指。见二人精神消沉的样子，斑目非常同情他俩，但是，他俩难过的原因却不是被盗走了财物，而是因为文子的手术是由丑闻缠身安斋负责。这时，皇子山来医院支援调查。瑶子告诉他，安斋很担心被偷走的数据外泄，要求警方跟踪调查。皇子山发现医院内有他认识的医生。就在此时，斑目偶然碰到卓三作案，抓了个现行。缴获大量赃款。卓三承认了其余的罪行，就在大家以为案件圆满结束时，鬼冢却向斑目和瑶子揭发外科部长的罪行，令事件发生了出人意料的进展。
斑目已经数周没有见到烟鸦了，他一直在等烟鸦回来，而皇子山则认为在某医院安全室发生的数据失窃案的犯人就是烟鸦。这天，烟鸦突然在酒吧现身，斑目把皇子山对他的怀疑都告诉了烟鸦。烟鸦意味深长地对斑 目说：“不要相信成年人说的话。”就在此时，斑目的手机响起来，警局要他马上回去报到。斑目匆匆赶回办公室，等待他的任务是审讯因破坏器物被捕的男子。那个男人身上没有身份证件，指纹也彻底烧坏，警方无法得知他的真实身份。但是在审讯室，一直沉默不语的他突然声称自己是烟鸦。13系的诸人齐心协力寻找能证明这个自称是“烟鸦”的男人的确是“烟鸦”的证据。男子供出了两年前他盗窃的某户人家的地址。经过确认，那个未解决的案子当年确实是被怀疑是“烟鸦”所为。男子说出了只有烟鸦才知道的情报，而他本人也承认是“烟鸦”，审讯室里，刑警们反复尝试，以便让他吐露更多的秘密。然而，那男人说出的却是负责查案的左门和皇子山等人不愿泄露的私生活的秘密。实际上，13系全体人员的秘密都被这个男人掌握了，众人惊愕莫名。另一方面，斑目再次调查两年前的案件，烟鸦提示他说应该有当时鉴识科没有找到的证据。斑目亲自到现场，在一扇窗户上发现了一个小洞。当天晚上，烟鸦因有人冒充自己而生气，他告诉斑目一流小偷的行动自有其道理。第二天，班目去调查自称为烟鸦的男人新坦白的未解决盗窃案，根据烟鸦的建议，他又发现了新证据。而因为网络普及而担心被解雇的数据调查员细口，开始独自思索那个连姓名和提纹都舍弃的身份不明男子的情况。此时，警方找到了两年前案件现场找到的指纹的主人，而那人的身份令人意外，调查陷入了混乱状态。
斑目难以相信自己被烟鸦利用了，非常受打击。这时，有人冒用斑目的ID侵入13系，在屋子里放了两百张一万日元的钞票。屋子里还散发着烟鸦常用的烟草的气味。这意味着烟鸦向十三系宣战。斑目心情复杂，而皇子山这时却告诉他，烟鸦不仅是小偷还是杀人犯。因为皇子山的话，斑目开始调查某件旧案，得知五年前，皇子山那个当医生的妹妹真里在自己拿回家的资实被盗后自杀了，但是情况很可疑。13系成员们从鲸冈那里得知了斑目的处境，决定齐心协力跟踪斑目从而抓住烟鸦，但是，斑目还是认为烟鸦不是坏人。一天夜里，烟鸦突然在斑目面前现身，说了一番意味深长的话。斑目追问他接近自己的真实意图，烟鸦却毫不迟疑地举枪相向。烟鸦留在现场的杯垫上写有“七波隆”的名字。13系认为这是他的下一个目标，便全体出动，准备当场抓住他。七波是某公司的名誉顾问。13系调查了入侵七波的办公室和私宅的路径，从七波过去接受的采访报道中推测，烟鸦的目标是七波的记事本。第二天，七波的办公室召开研讨会，来了很多人。13系的成员在现场监视。斑目闻到烟鸦的香气，发现了他。另一方面，在现场监视七波的左门突然发觉七波周围的所谓参会者都是冒充的。这时，其中一个人向七波冲过来。瑶子和左门抓住了准备逃走的男子，就在这个空当，烟鸦出现了。
烟鸦把下次作案目标的名字留给了13系。那人就是柏田不动产的会长龙崎一郎。13系分头行动，斑目与瑶子在龙崎公司的周围把守，胜手田与左门也严阵以待。但是，烟鸦巧妙设下陷阱，从龙崎的口袋里偷走某样东西。斑目注意到迄今为止烟鸦所盗窃的全是与个人情报有关的东西。他开始思考烟鸦的目的何在。这时，皇子山向美希打听二十年前作为分让地被卖掉的“见虹丘公园”与吉尔特纪念医院有关系。为了寻找妹妹真里自杀的真相，皇子山想撬开真里生前仰慕的伴医生的嘴，终于做出了超越警察身份的行为。一直暗中与警视总监真锅联系的鲸冈准备利用13系，将掌握着对警方不利的情报的烟鸦致于死地。这天晚上，记者近藤叫住斑目说要告诉他一个能动摇日本的情报。斑目感到是伪装成犯罪新闻记者的烟鸦要通过近藤告诉自己什么。就在这时，解析某新闻报道中照片的细面，与一直在调查与烟鸦有关的盗窃案的美希，结合皇子山的情报，马上要解开烟鸦真实身份之谜。然而，烟鸦所追查的与被隐藏的上层人物的大量违法行为有关。由烟鸦赌上性命所导演的复仇剧的大幕徐徐拉开，而斑目与13系的众人面临着最后的抉择。
