在Uther一年多不惜人力物力的寻找后，Arthur一行人意外在森林里找到了Morgana。Morgana回宫后声称被绑架，她向Uther等人道歉，还告诉Merlin她非常理解他当初想杀她的行为，并为自己的所作所为后悔。但每当入夜后，Morgana骑马到城外见姐姐Morgause，带回施了魔法的新鲜曼德拉草放在Uther床下，严重影响了Uther的神志，他开始出现幻觉。与此同时，Morgause联合了King Cenred打算里应外合覆灭Camelot。Gaius劝Arthur接手统治，Arthur拒绝。Merlin发现了Morgana的阴谋并跟踪而去，在森林中被Morgause姐妹二人发现并抓住。她们把他绑住丢在森林中，很快巨蝎开始袭击Merlin，受伤后的Merlin用最后的力气念出咒语唤来了腐龙救了自己……
腐龙救下了中毒倒地Merlin，3天后治愈并把他送回了Camelot。腐龙再次点拨了Merlin，让他不要总是只看到人的善良，信任是一把双刃剑；他和Morgana的未来注定纠结在一起。回到Camelot把Morgana的所作所为告诉了Gaius, 两人一起奔向Uther的房间。Morgana发现Merlin居然平安归来急忙去查看曼德拉草却发现魔咒被解除了，气急败坏的她找到Merlin警告他什么也不要说。在她出城见Morgause时，Morgause把花椒树枝（Carve from the rowan tree，一根法力极强的魔杖）交给了她，并要求她在城内施法。King Cenred的军队已经攻入边境，Arthur承担起了保卫Camelot的重任，着手防御。Gwen来到Arthur的房间鼓励他。战争开始了，Merlin要Gaius看紧Morgana。在艰苦的战争中，Camelot 一点一点的失守，Uther也在战斗中负伤。Morgana趁机潜入一个古老的墓穴中施法，召唤出了一群杀不死的骷髅战士，Camelot腹背受敌，危在旦夕。Merlin 找到在施法的Morgana，两人发生战斗。Merlin施法取胜，斩断了花椒树枝，骷髅武士立即倒下了，King Cenred在攻城不下后决定撤兵。战后，在揭晓真相时，却发现Morgana谎称是自己斩断魔杖扭转了战局，得到了全部荣耀。Merlin感到了深深的危机感。
Merlin在图书馆帮Gaius找书的时候无意间发现了一间密室，出于好奇，他打开了一个发出声音的铅皮桶。然后……好吧，他释放了一个把皇宫搅了个鸡犬不宁的小妖精（Goblin）。出于小妖精的本性，它们嗜金如命，除了在宫中盗窃，小妖精还剃光了Uther的头发……Merlin和Gaius发现只有把它再关回铅皮桶里才能制止它。为了做诱饵，Merlin从Arthur床底下偷了一箱金子，但是在抓捕妖精的过程中Gauis被小妖精附体了。Merlin逼妖精离开Gaius的身体，但是妖精以Gaius反过来要挟Merlin。被附体的Gaius当面指出了Morgana的真实目的和邪恶的内心，还偷偷给王室成员下药，以至于Uther, Morgana, Gwen在朝堂上响屁不断，大为丢人。他还到处招摇撞骗，四处敛财。Gaius在Uther面前举报Merlin使用魔法，并将发生一切归罪于Merlin。Merlin被判处死但随即越狱，Arthur也发现了Gaius确实被附体了，却被妖精施法变出了驴耳朵，说话也变成了驴叫……最后，Merlin和Gwen合力，先毒倒Gaius逼出妖精，再上解药，最终成功收服了妖精，得到了Uther的原谅。
Merlin和Arthur出外打猎了一天，决定找个酒馆休息。刚坐下就遇到当地恶霸来酒馆强行收钱，二人路见不平便与那一群恶霸大打出手。强盗人手众多，一位名叫Gwaine的勇士出手救了他们，却因此负伤。Merlin和Arthur把Gwaine带回了Camelot请Gaius医治。此时，Arthur正准备参加Camelot举办的近身战大赛（破烂熊译为“群斗”），各地的骑士也纷纷前来参战。在酒馆被惩罚的恶霸Dagr与Ebor为了复仇从一个老头手中买了两样东西：The Stalorne blades——斯塔隆之剑，看似没有开刃，却锋利无比；魔法水晶——水晶碰到谁的血就可以将佩戴者变成谁的样子。他们杀了前去参赛的Oswald和Ethan骑士，变成两位骑士的样子，要在比赛中用The Stalorne blades杀了Arthur。两名假骑士来到Camelot后百般刁难Merlin，Merlin也发现了剑的秘密。Merlin决定偷出魔剑，但在偷剑时被发现了。Gwaine见Merlin偷剑长久未归便去寻找，撞见了两个假骑士正要对Merlin不利，于是大打出手但被侍卫制服。Uther得知Gwaine这个平民居然对骑士不敬决意要杀他，经Arthur求情，Uther只将他驱逐出境。Gwaine临走又遇见了Gwen，Gwen替Arthur说话，也让Gwaine对Arthur有了更深的了解。Merlin无可奈何，只得决定在比赛现场用魔法解救Arthur。Dagr和Ebor在赛场上联手要至Arthur于死地，Arthur几次遇险。Merlin用魔法将其中一人摔下马来，正当众人束手无策之际，一名骑士起身相助Arthur，杀了两名假骑士，这个人正是Gwaine。事情结束，巫术被揭破，但是Gwaine还是免不了被驱逐出Camelot的命运。但是他已经忠心于Arthur了。他会回来的。啊，对了，临走他还和Gwen亲密的聊了几句，Arthur很吃醋。
Merlin和Arthur在树林里被一群强盗追击。慌乱之中，他们逃入了被魔法诅咒的败王之谷。在败王之谷中，已死去300年的大法师Taliesin突然出现，不仅治好了亚瑟，还将Merlin带到魔法的起源地－－水晶洞(The Crystal Cave)。在那里，Merlin看到了恐怖的景象：Morgana用一把匕首杀死了Uther。Merlin陪痊愈的Arthur返回卡美洛后，一直忧心忡忡。Gaius告诉Merlin水晶洞中所见的一切不一定可信，但Merlin听不进去。晚些时候，Merlin看见Arthur赠送一把匕首给Morgana做生日礼物，对自己看到的「未来景象」更加深信不疑。Morgana的生日宴会结束后，Merlin决定秘密监视她的行踪。Morgana收到Morgause捎来的信息，约她午夜时分在城外的树林里见面。Morgana收拾停当、带上匕首，准备出城去见莫格斯，却被Merlin误认为是去杀Uther。情急之下，Merlin使出法术阻拦Morgana，却导致Morgana摔下楼梯，奄奄一息。Merlin对此十分懊恼，认为自己搞乱了「未来」。眼看Morgana就要死去，Uther不得不向Gaius透露实情：Morgana是他的亲生女儿。Uther请求Gaius尽全力救治Morgana－－即便使用魔法也无所谓。Gaius答应替Uther保守秘密。Morgana在迷蒙中听到对话，藏在门外的Merlin也偷听到了一切。当天夜里，Merlin召来腐龙，用龙骑士（Dragonlord）的身份强令他传授自己救治Morgana的魔法。腐龙警告Merlin：他必须为随之而来的邪恶承担一切后果。救人心切的Merlin根本听不进巨龙的忠告。第二天，Morgana被Merlin用魔法救活。Morgause偷偷潜入王宫，得知Morgana是Uther的亲生女儿后十分高兴－－只要除掉Uther和Arthur，拥有正宗王室血统的Morgana就可以顺理成章地登基为王。但Morgana心中只想着复仇－－她尤其怨恨Uther多年来隐瞒她真实身份的做法。Gaius带着Merlin赶到王宫，准备救治被Morgause刺伤的卫兵。Merlin突然发现自己在水晶洞里见到的最后一个幻象应验了……这说明他所做的一切并非阻止「未来」，而是帮助「未来」发生。与此同时，Morgana已乘乱溜进了乌瑟王的寝宫。正当Morgana准备动手的关头，Merlin及时赶到，Morgana的行刺计划再一次失败。事件平息后，Gaius忧心忡忡地警告Merlin：Morgana可能已经知道了自己的真实身份，Arthur的性命堪忧。如果Uther死了，Arthur便成了Morgana与王位之间的唯一障碍。
20年前，精灵王对Godwyn国王刚刚出生的女儿Elena施了魔咒，使其成为一个「丑孩子」（changeling，专用名词，指在婴儿时期被精灵偷换后留下的孩子）。20年后，Godwyn国王欲与Uther结为亲家。Arthur虽不同意包办婚姻，但碍于父亲的威严只有从命。Gwen对这桩婚事很不高兴。精灵王安插在Elena公主身边的「内奸」Grunhilda（小精灵）偷偷向主子汇报，称一切进展顺利。精灵王则透露了自己的真实目的：一旦Elena公主和亚瑟成婚，Elena公主体内的精灵将显形，利用「卡美洛准王后」的特殊身份来控制整个Camelot。但Merlin和Gaius还是发现了精灵王和Grunhilda的阴谋。经过几番较量，Merlin成功杀死了精灵王和Grunhilda，释放了占据Elena公主身体的精灵，令Elena公主恢复正常。Arthur在婚礼上向Elena公主承认，自己并不爱她。Elena公主也表达了同样的意见。两个人高高兴兴地取消了婚礼。晚些时候，Arthur和Gwen在城堡中相遇。Arthur称自己已心有所属，只有时间能证明他是否可以和「真爱」长相厮守。Gwen当然明白他的意思，但只是嫣然一笑，没有做声。第7集 The Castle of Fyrien 古堡奇谋Gwen被人迷倒后掳走，Merlin到她家中找人，发现了蘸了迷药的抹布。原来是Morgana的姐姐Morgause伙同Cenred绑架了Gwen。Elyan出现在Gwen面前（Elyan是Gwen的哥哥，铁匠）。Cenred用Elyan的性命威胁Gwen，要求她在一周内设计把Arthur带到他面前来。Gwen回到Camelot城后向Merlin和Arthur道出了实情。Arthur决定孤身前去Fyrien城搭救Elyan，这正好中了Morgana和Morgause俩姐妹的奸计。Arthur、Merlin、Gwen和Morgana一伙四人前往Fyrien城，Arthur准备通过密道偷袭。Morgana把该秘密告诉了Morgause，Morgause给了Morgana一枚戒指。途中，Merlin施法设计阻止Morgana跟随并未成功。进密道前，Morgana用戒指通知了Morgause。Cenred的士兵冲进密道，抓住了他们。Morgause想杀了Arthur，由于Merlin的阻止而未成功。Arthur、Merlin、Gwen、Elyan逃出监狱。经过一场拼斗，Morgana被“救”出Frian城。第8集 The Eye of the Phoenix 凤凰之眼Arthur准备单枪匹马进入传说中渔王的领地（绝命谷）获取黄金鱼叉。这时，Morgause混进Camelot城给了Morgana一个手镯，要Arthur戴上，但被Gwen察觉端倪，Merlin也感觉到手镯有种魔力。Gaius告诉Merlin，手镯上的宝石是凤凰之眼，它将耗尽佩戴者的生命。半夜Morgana施法，Arthur危在旦夕。Merlin找Gwaine帮忙。吊桥上，小矮人告诉Arthur已具备勇气，还需要力量和魔法。Gwen看到Morgana施法，Arthur掉入泥潭无力爬出……小矮人告诉Merlin和Gwaine，他们代表魔法和力量，需要和Arthur三人合作才能成功。Merlin、Gwaine及时救了Arthur。Merlin发现渔王还活着，渔王告诉他真正需要来这里的是Merlin而非Arthur，并希望Merlin能结束他饱受折磨的生命。渔王把阿瓦隆湖水交给Merlin，并换取了凤凰之石，戴上后终于解脱了。Arthur拿到了鱼叉，回去途中Gwaine离开了。第9集 Love in the Time of Dragons 旧时之恋外围村里有人使用魔法治疗病人，Uther要求Gaius前去调查。Gaius从术士之铃认出了Alice。Alice是Gaius以前订婚的未婚妻。Gaius找到Alice要求她离开，Alice拒绝了。原来人面狮身蝎尾兽胁迫Alice利用Gaius接近Uther。Gaius把Alice接到家中暂住，半夜Merlin发现了Alice人面狮身蝎尾兽的毒汁挤到瓶中，但是Gaius不相信Merlin的告诫。Merlin只好独自调查怪物。Alice在Uther使用的药水中下毒，Uther服用后昏迷不醒。Arthur逮捕了Alice，原来Alice也是中了人面狮身蝎尾兽的毒，受它驱使对Uther下毒。Gaius认为杀死人面狮身蝎尾兽就能解救他们。Merlin把人面狮身蝎尾兽召唤出来，Gaius趁机毁坏了召唤人面狮身蝎尾兽的盒子，人面狮身蝎尾兽也随之毁灭。Uther醒后要处决Alice。处决前一天晚上，Alice逃出了监狱。第10集 Queen of Hearts 真正的王后Morgana梦到Arthur做了国王，他封的王后正是她的女仆Gwen。Morgause告诉Morgana必须破坏Arthur和Gwen，这样Morgana才有机会登上王位。Morgana假意去劝说Arthur多陪陪Gwen。当Arthur和Gwen约会时，Morgana却趁机把Uther带到现场。在Morgana的诡计下，Uther要处死Gwen。Merlin用年龄咒把自己变成80岁时的模样，并声称是自己对Arther和Gwen施法使他们意乱情迷，在Merlin的帮助下，Gwen洗清了罪名，Morgana的阴谋又一次落空。
Camelot新一届的比武大会即将开始，一个怀着无限争冠野心的男孩Geli来到Camelot，他带着一枚具有魔法的古老宗教的戒指，法力强大，一心想夺冠的他只有一个目的：杀死Uther，让魔法重回Camelot。Geli在勇士们落脚的酒馆里认识了Merlin，Merlin看出了他的意图，设法阻止他暴露身份。比赛一场接一场，Geli凭借着具有强大魔力的戒指连连获胜进入决赛，决赛他将对抗Uther，Merlin找到Geli，意图说服他弃权，否则他将性命不保，无奈Merlin向Geli透露了自己会魔法的秘密，但Geli一心只想夺冠，不想像父亲一样惧怕使用魔法，好让自己和像自己一样的魔法师们受到应有的尊重，他不想屈服于Uther的暴戾统治。决赛开始，经过激烈的对抗，Geli屡次想用魔法打败并杀死Uther都被Merlin用魔法阻止，最终落败。Uther饶他一命，Merlin来与他送别时，Geli终于领会到父亲和Merlin的真意，Merlin对他说终有一日魔法能重回Camelot，魔法师将重获自由。
Uther无意间得知圣杯（the Cup of Life）的下落，担心圣杯落入Cenred的手中，派出Arthur带着Merlin去寻找。在寻找途中被奴隶贩子抓获，发现Gwaine也跟他们关在一起。他们三人后来侥幸逃脱，找到圣杯。但是此时Cenred和Morgause也发现了Arthur他们的踪迹，并派人袭击了他们，抢到圣杯。Morgause通过圣杯使用魔法使Cenred的军队变成了不死之军，并杀死了Cenred，这支军队受命于Morgause。无奈，Arthur一行人只能回Camelot，回去途中Arthur发现不死之军已经蹂躏了Camelot，在废墟之中，他们找到了Elyan。在这集的最后，Arthur和Merlin目睹了不死之军活捉了Uther和Camelot的骑士，Morgana登基。
Merlin找到了Gaius，Gauis告诉他，只要倒尽圣杯里Morgause军队的血，不死之军将灰飞烟灭。Arthur一行人带着Gauis躲了起来。Merlin不慎摔破装阿瓦隆之水的瓶子，并在地上的积水中看到了曾经的恋人Freya，Freya告诉他只有阿瓦隆湖底的龙息之剑可以杀死不死之人，Merlin在腐龙的帮助下到阿瓦隆拿到了龙息之剑。在Morgana统治期间，Gwen潜伏了下来，准备伺机偷出钥匙救出骑士首领莱昂。没想到，Gwen意图暴露，被Morgause跟踪找到了Arther的躲藏地。幸亏Lancelot的及时出现，才解救了Arthur一行人。当天晚上，Arthur带着他们来到了一座城堡，找到了Camelot古代历任国王使用过的圆桌，Arthur、Merlin、Gaius、Gwen以及骑士们坐在象征着平等的圆桌旁商讨第二天解救Uther的计划，并且Arthur册封了Lancelot、Gwaine、Elyan等人为Camelot骑士（这就是日后的圆桌骑士）。Merlin私下里和Lancelot商量决定不按照原定计划，直接去寻找圣杯。第二天，Merlin和Lancelot找到了圣杯，在Gauis暗中帮助下，Merlin成功顶住了不死之军和Morgause的阻挠，打翻了圣杯，不死之军瞬间灰飞烟灭。
